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- PDB-2klc: NMR solution structure of human ubiquitin-like domain of ubiquili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2klc
タイトルNMR solution structure of human ubiquitin-like domain of ubiquilin 1, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HT5A
要素Ubiquilin-1
キーワードStructural Genomics / Unknown function / ubiquitin-like / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Structural Genomics Consortium / SGC / protein binding / UBL / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / proteasome / ubiquitin ligase-associated / ubiquitination / protein degradation / Alzheimer's / Nucleus / Phosphoprotein / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of ERAD pathway / aggrephagy / aggresome / autophagosome assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / regulation of protein ubiquitination ...negative regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of ERAD pathway / aggrephagy / aggresome / autophagosome assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / regulation of protein ubiquitination / regulation of macroautophagy / ERAD pathway / proteasome complex / autophagosome / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of protein ubiquitination / macroautophagy / kinase binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / cellular response to hypoxia / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquilin-1-like domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / : / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Ubiquilin-1-like domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / : / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Doherty, R.S. / Dhe-Paganon, S. / Fares, C. / Lemak, S. / Gutmanas, A. / Garcia, M. / Yee, A. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) ...Doherty, R.S. / Dhe-Paganon, S. / Fares, C. / Lemak, S. / Gutmanas, A. / Garcia, M. / Yee, A. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Structural Genomics Consortium (SGC) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of ubiquitin-like domain of ubiquilin 1
著者: Doherty, R.S. / Dhe-Paganon, S. / Fares, C. / Lemak, S. / Gutmanas, A. / Garcia, M. / Yee, A. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2011
タイトル: A novel strategy for NMR resonance assignment and protein structure determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6231
ポリマ－11,6231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquilin-1 / Protein linking IAP with cytoskeleton 1 / PLIC-1 / hPLIC-1


分子量: 11623.194 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-like domain: Residues 34-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DA41, PLIC1, UBQLN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UMX0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D CBCA(CO)NH
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D 1H-13C arom NOESY
1912D 1H-15 HSQC (IPAP)
11012D 1H-15N HSQC
11112D 1H-13C Constant Time HSQC
11213D HBHA(CO)NH
11313D HNCO (IPAP)

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] ubiquilin 1, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride (NaCl), 0.01 % sodium azide (NaN3), 1 x inhibitor cocktail (roche), 1 mM benzamidine, 10 uM ZnSO4, 10 mM DTT, 10 % D20, ...内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] ubiquilin 1, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride (NaCl), 0.01 % sodium azide (NaN3), 1 x inhibitor cocktail (roche), 1 mM benzamidine, 10 uM ZnSO4, 10 mM DTT, 10 % D20, 90 % H20, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMubiquilin 1-1[U-13C; U-15N]1
10 mMTRIS-21
300 mMsodium chloride (NaCl)-31
0.01 %sodium azide (NaN3)-41
1 v/vinhibitor cocktail (roche)-51
1 mMbenzamidine-61
10 uMZnSO4-71
10 mMDTT-81
10 %D20-91
90 %H20-101
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.106Goddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
FMCLemak, Steren, Llinas & Arrowsmithchemical shift assignment
TALOS2003.027.13.05Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSSOLVE1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpinBruker Biospincollection
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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