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- PDB-2jml: Solution structure of the N-terminal domain of CarA repressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jml
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of CarA repressor
要素DNA BINDING DOMAIN/TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / anti-repressor / MerR / carotenogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / Methionine synthase domain / : / B12 binding domain / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain ...Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / Methionine synthase domain / : / B12 binding domain / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
B12 binding domain/transcriptional regulator, MerR family
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Jimenez, M. / Padmanabhan, S. / Gonzalez, C. / Perez-Marin, M.C. / Elias-Arnanz, M. / Murillo, F.J. / Rico, M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for operator and antirepressor recognition by Myxococcus xanthus CarA repressor.
著者: Navarro-Aviles, G. / Jimenez, M.A. / Perez-Marin, M.C. / Gonzalez, C. / Rico, M. / Murillo, F.J. / Elias-Arnanz, M. / Padmanabhan, S.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA BINDING DOMAIN/TRANSCRIPTIONAL REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4721
ポリマ－9,4721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest number of violations

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要素

#1: タンパク質 DNA BINDING DOMAIN/TRANSCRIPTIONAL REGULATOR


分子量: 9471.791 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1DDV9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1233D 1H-15N NOESY
1333D 1H-15N TOCSY
1432D 1H-1H NOESY
1532D 1H-1H TOCSY
1612D 1H-1H NOESY
1712D 1H-1H TOCSY
1812D 1H-1H COSY
1922D 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H TOCSY
11122D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM CarA(Nter), 0.2 mM DSS, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM CarA(Nter), 0.2 mM DSS, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-100% 15N] CarA(Nter), 0.2 mM DSS, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCarA(Nter)1
90 %H2O1
10 %D2O1
0.1 mMDSS1
100 mMsodium chloride1
50 mMsodium phosphate1
0.5 mMCarA(Nter)2
100 %D2O2
0.1 mMDSS2
100 mMsodium chloride2
50 mMsodium phosphate2
0.5 mMCarA(Nter)[U-100% 15N]3
90 %H2O3
10 %D2O3
0.1 mMDSS3
100 mMsodium chloride3
50 mMsodium phosphate3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichsolution structure
CYANA1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Cyana 1.0
代表構造選択基準: fewest number of violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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