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万見
- PDB-6t36: Crystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HBV core p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t36
タイトルCrystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HBV core protein C-terminal peptide
要素
  • Capsid protein
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
キーワードHYDROLASE / PDZ domain / HBV core / HBV capsid / hepatitis B virus / PTPN3 / PDZ-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane depolarization during action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / : / T=4 icosahedral viral capsid / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / sodium channel regulator activity / protein dephosphorylation ...regulation of membrane depolarization during action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / : / T=4 icosahedral viral capsid / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / sodium channel regulator activity / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / liver regeneration / EGFR downregulation / cytoplasmic side of plasma membrane / viral penetration into host nucleus / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / host cell / ATPase binding / host cell cytoplasm / cytoskeleton / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Capsid protein / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Genera, M. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Caillet-Saguy, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of the interaction of the human tyrosine phosphatase PTPN3 with the hepatitis B virus core protein.
著者: Genera, M. / Quioc-Salomon, B. / Nourisson, A. / Colcombet-Cazenave, B. / Haouz, A. / Mechaly, A. / Matondo, M. / Duchateau, M. / Konig, A. / Windisch, M.P. / Neuveut, C. / Wolff, N. / Caillet-Saguy, C.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5983
ポリマ－128,5182
非ポリマー801
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.578, 75.578, 46.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-113-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3 / Protein-tyrosine phosphatase H1 / PTP-H1


分子量: 104125.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN3, PTPH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P26045, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質 Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 24392.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: A8D6S6
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→46.59 Å / Num. obs: 13198 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / Num. unique obs: 2065 / CC1/2: 0.977 / Rrim(I) all: 0.575 / % possible all: 96.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.12_2829精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HKS

6hks


解像度: 1.86→29.35 Å / SU ML: 0.1995 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2787
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 651 4.98 %
Rwork0.1953 --
obs0.1975 13069 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数800 0 1 67 868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81351112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0529708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-20.34531230.31282376X-RAY DIFFRACTION95.97
2-2.20.23971300.222441X-RAY DIFFRACTION98.32
2.2-2.520.26091280.20942491X-RAY DIFFRACTION99.36
2.52-3.170.27521330.21242512X-RAY DIFFRACTION99.7
3.17-29.350.20721370.16862598X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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