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万見
- PDB-2jiy: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH ALA M149 REPLACED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jiy
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT WITH ALA M149 REPLACED WITH TRP (CHAIN M, AM149W)
要素(REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / MEMBRANE PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT / BACTERIOCHLOROPHYLL / CHLOROPHYLL / METAL-BINDING / TRANSPORT / CHROMOPHORE
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / DODECANE / : / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Potter, J.A. / Cheng, J. / Williams, C.M. / Watson, A.J. / Jones, M.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural Responses to Cavity-Creating Mutations in an Integral Membrane Protein.
著者: Fyfe, P.K. / Potter, J.A. / Cheng, J. / Williams, C.M. / Watson, A.J. / Jones, M.R.
#1: ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2005
タイトル: On the Role of Basic Residues in Adapting the Purple Bacterial Reaction Centre-Lh1 Photosystem for Growth at Elevated Temperature
著者: Watson, A.J. / Hughes, A.V. / Fyfe, P.K. / Wakeham, M.C. / Holden-Dye, K. / Heathcote, P. / Jones, M.R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structural Details of an Interaction between Cardiolipin and an Integral Membrane Protein.
著者: Mcauley, K.E. / Fyfe, P.K. / Ridge, J.P. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. / Jones, M.R.
履歴
登録2007年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN
L: REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN
M: REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,19418
ポリマ－94,0583
非ポリマー9,13615
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34710 Å2
ΔGint-242.8 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.785, 139.785, 185.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM149W / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM149W / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT


分子量: 34644.867 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
株: NCIB 8253 / プラスミド: PRKEH10D / 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 株 (発現宿主): AM149W / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 11種, 398分子

#4: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#8: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#11: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2
#12: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#13: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, ALA 149 TO TRP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.977
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15.9 Å / Num. obs: 106556 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD-TYPE RHODOBACTER SPHAEROIDES COORDINATES UNPUBLISHED DATA

解像度: 2.2→15.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.663 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5200 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 99574 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20.62 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6473 0 571 383 7427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.362.03710292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.932312148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9935845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44722.578287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37115998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2741534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.25082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.23636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0310.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2960.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.54436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1121.51707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85526635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23333997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8164.53643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 347 -
Rwork0.221 7217 -
obs--98.34 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -58.785 Å / Origin y: -18.667 Å / Origin z: 34.691 Å
111213212223313233
T-0.0384 Å20.028 Å20.0301 Å2--0.2267 Å2-0.0261 Å2---0.0953 Å2
L1.3492 °2-0.3575 °2-0.4669 °2-0.6154 °20.2185 °2--0.8125 °2
S0.0058 Å °0.0949 Å °-0.0384 Å °-0.0394 Å °0.0138 Å °-0.0539 Å °-0.0312 Å °0.0193 Å °-0.0196 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1M2 - 302
2X-RAY DIFFRACTION1H11 - 250
3X-RAY DIFFRACTION1L1282 - 1284
4X-RAY DIFFRACTION1M - L1303
5X-RAY DIFFRACTION1L1285
6X-RAY DIFFRACTION1M1306
7X-RAY DIFFRACTION1L1 - 281
8X-RAY DIFFRACTION1M1309
9X-RAY DIFFRACTION1M1304
10X-RAY DIFFRACTION1H1251
11X-RAY DIFFRACTION1M1307
12X-RAY DIFFRACTION1M1314
13X-RAY DIFFRACTION1M1310
14X-RAY DIFFRACTION1L1286
15X-RAY DIFFRACTION1M1305
16X-RAY DIFFRACTION1M1311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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