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- PDB-2jee: Xray structure of E. coli YiiU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jee
タイトルXray structure of E. coli YiiU
要素CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
キーワードCELL CYCLE / FTSZ / SEPTUM / COILED-COIL / CELL DIVISION / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cell division protein ZapB / Cell division protein ZapB / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein ZapB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Moller-Jensen, J. / Gerdes, K. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Novel Coiled-Coil Cell Division Factor Zapb Stimulates Z Ring Assembly and Cell Division.
著者: Ebersbach, G. / Galli, E. / Moller-Jensen, J. / Lowe, J. / Gerdes, K.
履歴
登録2007年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
B: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
C: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
D: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5834
ポリマ－38,5834
非ポリマー00
水43224
1
A: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
B: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2922
ポリマ－19,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-45.9 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PQS
2
C: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB
D: CELL DIVISION PROTEIN ZAPB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2922
ポリマ－19,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-39.9 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.386, 40.777, 80.134
Angle α, β, γ (deg.)104.73, 97.03, 93.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 80 / Label seq-ID: 3 - 80

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2given(1), (1), (1)
3given(1), (1), (1)

-
要素

#1: タンパク質
CELL DIVISION PROTEIN ZAPB / YIIU


分子量: 9645.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 11163 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 32.654 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.282 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 577 5 %RANDOM
Rwork0.31 ---
obs0.31 10917 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 108.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.11 Å2-0.92 Å2-0.01 Å2
2--15.15 Å2-3.61 Å2
3----12.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 0 24 2628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.9613504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5595308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg48.89527.143168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.28115568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7441516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.50.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1093.51610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86442484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14651119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8156.51020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 651 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.060.05
2Btight positional0.10.05
3Ctight positional0.060.05
4Dtight positional0.070.05
1Atight thermal0.110.5
2Btight thermal0.080.5
3Ctight thermal0.090.5
4Dtight thermal0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.515 32
Rwork0.472 625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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