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- PDB-2jb9: PhoB response regulator receiver domain constitutively-active dou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jb9
タイトルPhoB response regulator receiver domain constitutively-active double mutant D10A and D53E.
要素PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
キーワードTRANSCRIPTION / SENSORY TRANSDUCTION / DNA-BINDING / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / GENE REGULATION / PHOSPHATE TRANSPORT / ACTIVATION OF THE PHO REGULON
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferrer-Orta, C. / Arribas-Bosacoma, R. / Kim, S.-K. / Blanco, A.G. / Pereira, P.J.B. / Gomis-Ruth, F.X. / Wanner, B.L. / Coll, M. / Sola, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The X-Ray Crystal Structures of Two Constitutively Active Mutants of the E. Coli Phob Receiver Domain Give Insights Into Activation
著者: Arribas-Bosacoma, R. / Kim, S.-K. / Ferrer-Orta, C. / Blanco, A.G. / Pereira, P.J.B. / Gomis-Ruth, F.X. / Wanner, B.L. / Coll, M. / Sola, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Three-Dimensional Crystal Structure of the Transcription Factor Phob Receiver Domain.
著者: Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Serrano, L. / Gonzalez, A. / Coll, M.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9722
ポリマ－28,9722
非ポリマー00
水3,063170
1
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4861
ポリマ－14,4861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4861
ポリマ－14,4861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.924, 60.157, 116.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB / PHOB RESPONSE REGULATOR D10A-D53E


分子量: 14485.772 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBAT-4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 10 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 53 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 10 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 53 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 10 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 53 TO GLU
配列の詳細MUTATIONS D10A, D53E

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化pH: 8
詳細: 3 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION AT 5.6 MG/ML AND 6 MICROLITER OF RESERVOIR SOLUTION (22.5% PEG 4K, 0.4 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRISHCL, PH 8)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→32.9 Å / Num. obs: 24245 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B00

1b00


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.496 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 638 2.6 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.224 23577 92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 0 0 170 2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.9832687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.8635241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19823.54296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46515366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3951522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.51258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45721975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3813822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7164.5712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 34
Rwork0.308 1810
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86130.3110.08552.4786-0.63560.9463-0.02260.06170.0332-0.09660.0075-0.02230.0598-0.01030.015-0.0507-0.00220.0022-0.0767-0.0119-0.06312.51137.044827.4109
21.11640.6031-0.17820.58270.11011.79450.0758-0.35290.0565-0.0331-0.1114-0.0491-0.0188-0.15990.0357-0.07630.0061-0.01780.05040.0213-0.0084-4.68990.791256.6935
30.43760.17430.13130.2843-0.15910.62870.0061-0.05810.0152-0.00980.018-0.0549-0.00050.025-0.0241-0.04250.0192-0.0275-0.05920.0067-0.0234-0.09963.98937.8348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A2001 - 2102
4X-RAY DIFFRACTION3B2001 - 2068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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