PDB-2jba: PhoB response regulator receiver domain constitutively-active dou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jba

タイトル

PhoB response regulator receiver domain constitutively-active double mutant D53A and Y102C.

要素

(PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB) x 2

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHATE REGULATION / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / TRANSPORT / DNA-BINDING / CONSTITUTIVELY-ACTIVE MUTANT / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / GENE REGULATION / PHOSPHATE TRANSPORT / ACTIVATION OF THE PHO REGULON / PHOSPHORYLATION / ALPHA/BETA DOUBLY WOUN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Arribas-Bosacoma, R. / Ferrer-Orta, C. / Kim, S.-K. / Blanco, A.G. / Pereira, P.J.B. / Gomis-Ruth, F.X. / Wanner, B.L. / Coll, M. / Sola, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The X-Ray Crystal Structures of Two Constitutively Active Mutants of the Escherichia Coli Phob Receiver Domain Give Insights Into Activation.
著者: Arribas-Bosacoma, R. / Kim, S.-K. / Ferrer-Orta, C. / Blanco, A.G. / Pereira, P.J.B. / Gomis-Ruth, F.X. / Wanner, B.L. / Coll, M. / Sola, M.

履歴

登録	2006年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jba.cif.gz	72.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jba.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jba_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jba_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	2jba_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	2jba_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jb9C 1b00S 1gxp 1gxq 1qqi 1zes 2iyn S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4caj-2 3pl7-d 1mg9-d 1b00-d 6jf5-d 4jg9-1 2pnn-d 6kl6-2 4x1t-d 2f4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.907, 47.631, 59.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB / PHOB RESPONSE REGULATOR D53A-Y102C 分子量: 14439.729 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBAT-4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFJ5
#2: タンパク質	PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB / PHOB RESPONSE REGULATOR D53A-Y102C 分子量: 14411.716 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBAT-4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFJ5
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 53 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 102 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 53 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 102 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 53 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 102 TO CYS
配列の詳細	MUTATIONS D53A,Y102C

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化	pH: 8 詳細: 3 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION AT 5.5 MG/ML AND 3 MICROLITER OF RESERVOIR SOLUTION (20% (W/V) PEG 4K, 0.4M SODIUM ACETATE, 0.1M TRISHCL (PH 8), 0.01M DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→58.7 Å / Num. obs: 41827 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 70.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B00

1b00

解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.224 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	770	1.8 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.189	41049	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0.32 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1957	0	10	303	2270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.98	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.12	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.739	1.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.424	2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.431	3	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.095	4.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.289	36
R_work	0.284	2092

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3004	-0.2746	0.2135	1.3871	-0.3798	2.096	0.0088	0.1255	-0.0581	-0.0747	-0.0415	-0.0029	0.0692	-0.0023	0.0326	0.1449	0.005	-0.013	0.1372	-0.0008	0.0872	12.196	0.298	21.391
2	2.5992	0.785	-0.8013	1.4137	-0.0267	3.2516	0.1336	-0.2374	0.0698	0.0714	-0.155	0.0715	-0.1839	-0.0076	0.0214	0.1566	-0.0214	-0.0168	0.1524	-0.0232	0.0515	-2.769	-0.103	48.12
3	-0.3302	-0.2733	-0.4284	-0.8615	0.4106	0.4258	-0.0165	0.0847	-0.127	0.0371	-0.1644	-0.0355	-0.1756	-0.2216	0.1809	0.1706	0.027	-0.0115	0.1845	-0.0334	0.1634	-2.926	0.249	30.548
4	29.0143	33.2557	16.8625	-6.3964	1.1377	-59.2765	0.025	1.5639	-1.0907	1.1595	-0.4153	-1.4031	1.5461	0.8527	0.3903	0.1551	-0.0051	-0.0024	0.1625	0.0017	0.1655	28.052	1.52	20.67
5	0.8437	0.2536	-0.3583	0.3556	-0.2879	1.0069	0.0381	0.0119	0.0111	-0.004	-0.044	0.0101	-0.0118	-0.0023	0.0059	0.0896	-0.0033	-0.0436	0.0537	-0.0263	0.0378	6.615	0.058	31.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1127
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1123
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1128
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	2001 - 2171
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2001 - 2132

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関連情報:EMDBヘッダ

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