PDB-2j6h: E. coli glucosamine-6-P synthase in complex with glucose-6P and 5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j6h

タイトル

E. coli glucosamine-6-P synthase in complex with glucose-6P and 5-oxo- L-norleucine

要素

GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / AMMONIA CHANNELING

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Mouilleron, S. / Golinelli-Pimpaneau, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Glutamine Binding Opens the Ammonia Channel and Activates Glucosamine-6-Phosphate Synthase.
著者: Mouilleron, S. / Badet-Denisot, M.A. / Golinelli-Pimpaneau, B.

履歴

登録	2006年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2006年10月2日	ID: 2BPJ
改定 1.0	2006年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j6h.cif.gz	245.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j6h.ent.gz	197.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4amvC 1gdo PDB 未公開エントリS 1moqS 1jxa 1mor 1mos 1xff 1xfg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u0t-d 4kr0-d 3qg6-d 4l72-d 5wtg-d 7a8h-d 2pd0-d 2ygw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

B: GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.300, 91.230, 184.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.4338, -0.3288, 0.8389), (-0.3321, -0.9238, -0.1903), (0.8376, -0.196, -0.5099)
ベクター: -34.2613, 119.0804, 105.4252)

#1: タンパク質	GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE / GLUCOSAMINE-6-P SYNTHASE / HEXOSEPHOSPHATE AMINOTRANSFERASE / D-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE ...GLUCOSAMINE-6-P SYNTHASE / HEXOSEPHOSPHATE AMINOTRANSFERASE / D-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE / L-GLUTAMINE-D-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE / GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE SYNTHASE / GFAT 分子量: 66846.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P17169, glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)
#2: 化合物	ChemComp-ONL / 5-OXO-L-NORLEUCINE / 5-オキソ-L-ノルロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃
#3: 化合物	ChemComp-G6Q / GLUCOSE-6-PHOSPHATE / D-グルコ-ス6-りん酸分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.53 %
結晶化	pH: 7.2 詳細: 12% PEG 8000, 0.1 M KCL, 5% GLYCEROL, 10 MM FRUCTOSE-6-PHOSPHATE., pH 7.20

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 57253 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2.09 / 冗長度: 3.11 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.55
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.09 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1GDO AND 1MOQ

1gdo
PDB 未公開エントリ

1moq

解像度: 2.35→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.805 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS HIS B 273 CG, ND1, CD2, CE1, NE2.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	2876	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.187	54035	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9389	0	52	385	9826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	9600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.968	12998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.669	5	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.775	1.5	6034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.323	2	9679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.509	3	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.775	4.5	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.344	199
R_work	0.3	3359

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2753	0.6629	-0.2403	1.3785	-0.3455	1.8724	0.0068	0.0034	-0.1195	0.0107	0.0012	0.0832	0.0401	-0.0984	-0.008	0.0441	0.0031	0.0074	0.0208	0.0251	0.0316	0.7092	22.2344	90.7369
2	1.7043	0.123	-0.0918	1.2702	-0.2605	1.1463	0.0332	0.4228	0.0308	-0.273	-0.0123	-0.0175	0.0474	-0.0385	-0.0209	0.1464	0.0502	0.0333	0.1626	0.0432	0.0567	15.7053	40.1805	62.8346
3	1.7878	-0.0315	-0.6224	3.3791	-0.271	3.5302	0.1012	0.2151	0.2704	-0.2017	0.0702	0.0068	-0.5354	0.0085	-0.1714	0.4041	-0.0424	0.1177	0.2809	0.0626	0.3697	34.7813	80.6235	55.807
4	1.4306	-0.141	-0.2061	1.9131	-0.2529	1.2099	0.1049	0.0353	0.4362	0.1172	-0.0205	0.0112	-0.3989	-0.0995	-0.0844	0.201	0.0178	0.092	0.1198	0.0591	0.2341	11.8419	64.391	79.0487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 234
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	235 - 608
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1609
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	235 - 608
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1609

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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