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- PDB-2j57: X-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j57
タイトルX-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase N- quinol in complex with amicyanin.
要素
  • AMICYANIN
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / PERIPLASMIC / METAL-BINDING / ELECTRON TRANSPORT / SINGLE CRYSTAL MICROSPECTROPHOTOMETRY
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain ...Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Amicyanin/Pseudoazurin / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Cupredoxin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Amicyanin / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pearson, A.R. / Pahl, R. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M.
引用
ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2007
タイトル: Tracking X-Ray-Derived Redox Changes in Crystals of a Methylamine Dehydrogenase/Amicyanin Complex Using Single-Crystal Uv/Vis Microspectrophotometry.
著者: Pearson, A.R. / Pahl, R. / Kovaleva, E.G. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Structures of Methylamine Dehydrogenase Catalytic Intermediates from Paraccocus Denitrificans
著者: De La Mora-Rey, T. / Pearson, A.R. / Hoeffner, E. / Watts, K.T. / Yucel, N. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMICYANIN
B: AMICYANIN
C: AMICYANIN
D: AMICYANIN
G: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
I: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
J: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
K: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
M: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
N: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,91116
ポリマ－272,65712
非ポリマー2544
水33,6161866
1
A: AMICYANIN
B: AMICYANIN
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
J: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
M: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4558
ポリマ－136,3286
非ポリマー1272
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16710 Å2
ΔGint-64.1 kcal/mol
Surface area42080 Å2
手法PISA
2
C: AMICYANIN
D: AMICYANIN
G: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
I: METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN
K: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
N: METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4558
ポリマ－136,3286
非ポリマー1272
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16630 Å2
ΔGint-69.3 kcal/mol
Surface area41960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.131, 123.439, 246.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
AMICYANIN


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: AMICYANIN IS THE OBLIGATE ELECTRON TRANSFER PARTNER OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE.
由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 参照: UniProt: P22364
#2: タンパク質
METHYLAMINE DEHYDROGENASE HEAVY CHAIN / METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALPHA CHAIN / MADH


分子量: 42449.277 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 32-417 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 参照: UniProt: P29894, EC: 1.4.99.3
#3: 抗体
METHYLAMINE DEHYDROGENASE LIGHT CHAIN / METHYLAMINE DEHYDROGENASE BETA CHAIN / MADH


分子量: 14209.712 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3
#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AT PRESENT, THE SEQUENCE DATABASES INDICATE THAT RESIDUE 312 OF THE HEAVY CHAIN IS LEU AND RESIDUE ...AT PRESENT, THE SEQUENCE DATABASES INDICATE THAT RESIDUE 312 OF THE HEAVY CHAIN IS LEU AND RESIDUE 313 IS LEU. THE AUTHORS WHO DEPOSITED 2MTA FOUND THAT THEY MISREAD THE GELS AND THAT RESIDUES 312 AND 313 SHOULD BE PHE AND VAL, RESPECTIVELY IN THIS ENTRY THE SEQUENCE ERRORS HAVE BEEN CORRECTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.4 Å / Num. obs: 162354 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.25→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.733 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 8629 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.183 162354 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18916 0 4 1866 20786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02219444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9811.95226540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.86352436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19124.133900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.689152920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.79315112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.22876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.29715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.212844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.21986
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0251.512546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.649219696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62437940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8664.56844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.321 613
Rwork0.24 11470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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