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- PDB-2izq: Gramicidin D complex with KI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izq
タイトルGramicidin D complex with KI
要素GRAMICIDIN D
キーワードANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN
機能・相同性GRAMICIDIN D / IODIDE ION / : / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.8 Å
データ登録者Olczak, A. / Glowka, M.L. / Szczesio, M. / Bojarska, J. / Duax, W.L. / Burkhart, B.M. / Wawrzak, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Nonstoichiometric Complex of Gramicidin D with Ki at 0.80 A Resolution.
著者: Olczak, A. / Glowka, M.L. / Szczesio, M. / Bojarska, J. / Duax, W.L. / Burkhart, B.M. / Wawrzak, Z.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 2.02018年10月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_asym / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_asym.entity_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.02019年1月23日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_data_processing_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_auth_asym_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_atom_name / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_residue_name / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_residue_no / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_strand_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_asym.pdbx_PDB_id / _struct_asym.pdbx_alt_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.12019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 3.22023年3月8日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 4.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRAMICIDIN D
B: GRAMICIDIN D
C: GRAMICIDIN D
D: GRAMICIDIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,00325
ポリマ－7,5294
非ポリマー1,47421
水1,54986
1
A: GRAMICIDIN D
B: GRAMICIDIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,70713
ポリマ－3,7652
非ポリマー94311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: GRAMICIDIN D
D: GRAMICIDIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,29612
ポリマ－3,7652
非ポリマー53110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.144, 31.319, 51.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GRAMICIDIN D


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN D
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, GRAMICIDIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: GRAMICIDIN D CHAIN: A, B, C ,D COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 16 DESCRIPTION: GRAMICIDIN D IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 1). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). THE DBREF FOR EACH CHAIN IS FOR THE MAJOR COMPONENT OF GRAMICIDIN A (TRP11), WHILE THE MINOR COMPONENTS (PHE11) OR (TYR11) ARE REPRESENTED BY SEQADV WITH MICROHETEROGENEITY.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.89 %
結晶化詳細: BATCH CRYSTALLIZATION WITH 30 MG/ML GRAMICIDIN AND SATURATED KI IN METHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.67
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.8→28 Å / Num. obs: 51435 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 0.8→0.83 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.19 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W5U

1w5u


解像度: 0.8→28 Å / Num. parameters: 8944 / Num. restraintsaints: 15555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1216 4925 19 %RANDOM
all0.1108 93520 --
obs0.1105 -100 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 60 / Occupancy sum hydrogen: 557.39 / Occupancy sum non hydrogen: 579.98
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.8→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数614 0 28 86 728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0402
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.273
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.252
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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