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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ivg | |||||||||
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タイトル | SITE DIRECTED MUTAGENESIS OF KEY RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYTIC MECHANISM OF CYANASE | |||||||||
![]() | CYANATE LYASE | |||||||||
![]() | LYASE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / MCSG / CYANATE DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A Twin Set of Low Pka Arginines Ensures the Concerted Acid Base Catalytic Mechanism of Cyanase 著者: Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. #1: ![]() タイトル: Structure of Cyanase Reveals that a Novel Dimeric and Decameric Arrangement of Subunits is Required for Formation of the Enzyme Active Site. 著者: Walsh, M.A. / Otwinowski, Z. / Perrakis, A. / Anderson, P.M. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 339 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 277.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17011.686 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-AZI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 151 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 151 TO GLY ...ENGINEERED | 配列の詳細 | LEUCINE 151 MUTATED TO GLYCINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF 50 MM TRIC/HCL, PH =7.3. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→99 Å / Num. obs: 133334 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.93 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 90.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DW9 解像度: 1.87→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.368 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→76.7 Å
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拘束条件 |
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