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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iv1 | ||||||
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タイトル | SITE DIRECTED MUTAGENESIS OF KEY RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYTIC MECHANISM OF CYANASE | ||||||
要素 | CYANATE HYDRATASE | ||||||
キーワード | LYASE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / MCSG / CYANATE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A Twin Set of Low Pka Arginines Ensures the Concerted Acid Base Catalytic Mechanism of Cyanase 著者: Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Structure of Cyanase Reveals that a Novel Dimeric and Decameric Arrangement of Subunits is Required for Formation of the Enzyme Active Site. 著者: Walsh, M.A. / Otwinowski, Z. / Perrakis, A. / Anderson, P.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iv1.cif.gz | 354.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iv1.ent.gz | 290.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2iv1_validation.pdf.gz | 430.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2iv1_full_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2iv1_validation.xml.gz | 29.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2iv1_validation.cif.gz | 61.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2iv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2iv1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17038.729 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P00816, cyanase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYZES THE REACTION OF CYANATE WITH BICARBONATE TO PRODUCE AMMONIA AND CARBON DIOXIDE. ...CATALYZES THE REACTION OF CYANATE WITH BICARBONAT | 配列の詳細 | ARGININE 96 MUTATED TO GLUTAMINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH = 7.3, AND IN THE PRESENCE OF 50 MM TRIC/HCL, PH =7.3. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→100 Å / Num. obs: 142191 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DW9 解像度: 1.88→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.34 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→76.7 Å
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拘束条件 |
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