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- PDB-2ii4: Crystal structure of a cubic core of the dihydrolipoamide acyltra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ii4
タイトルCrystal structure of a cubic core of the dihydrolipoamide acyltransferase (E2b) component in the branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex (BCKDC), Coenzyme A-bound form
要素Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
キーワードTRANSFERASE / cubic core / homo trimer / CoA-bound form
機能・相同性
機能・相同性情報


Branched-chain amino acid catabolism / RHOH GTPase cycle / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / dihydrolipoamide branched chain acyltransferase activity / dihydrolipoyllysine-residue (2-methylpropanoyl)transferase / Protein lipoylation / lipoic acid binding / Mitochondrial protein degradation / acetyltransferase activity / mitochondrial matrix ...Branched-chain amino acid catabolism / RHOH GTPase cycle / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / dihydrolipoamide branched chain acyltransferase activity / dihydrolipoyllysine-residue (2-methylpropanoyl)transferase / Protein lipoylation / lipoic acid binding / Mitochondrial protein degradation / acetyltransferase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain ...: / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Brautigam, C.A. / Custorio, M. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: A synchronized substrate-gating mechanism revealed by cubic-core structure of the bovine branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex.
著者: Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Brautigam, C.A. / Custorio, M. / Chuang, D.T.
履歴
登録2006年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
B: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
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G: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
H: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,37828
ポリマ－229,8138
非ポリマー6,56620
水5,260292
1
A: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
B: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
C: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
D: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
E: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
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ヘテロ分子

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B: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
C: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
D: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
E: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
F: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
G: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
H: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
ヘテロ分子

A: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
B: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
C: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
D: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
E: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
F: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
G: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
H: Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,13584
ポリマ－689,43824
非ポリマー19,69760
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area131180 Å2
ΔGint-827 kcal/mol
Surface area212200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.234, 195.234, 172.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-810-

CL

21H-812-

CL

31H-842-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 188 - 421 / Label seq-ID: 29 - 262

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
詳細A biological functional unit of this protein is a 24-meric cubic core, containing 8 homo trimers. The asymmetric unit in this crystal with the R3 space group contains 8 monomers (two trimers and two monomers from two another trimers). It is too complex to describe the symmetry operations to generate the cubic core from the asymmetric unit. Therefore, we highly recommend to download the coordinates of the biological functional unit (the 24-meric cubic core) from the PDB web site.

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要素

#1: タンパク質
Lipoamide acyltransferase component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex / Dihydrolipoyllysine-residue (2-methylpropanoyl)transferase / E2 / Dihydrolipoamide branched chain ...Dihydrolipoyllysine-residue (2-methylpropanoyl)transferase / E2 / Dihydrolipoamide branched chain transacylase / BCKAD E2 subunit


分子量: 28726.576 Da / 分子数: 8 / 断片: core (catalytic) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: DBT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11181, dihydrolipoyllysine-residue (2-methylpropanoyl)transferase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Na-acetate (pH 4.6), 28% PEG 4000, 0.15 M NH4-acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 75843 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.243 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.59-2.695.20.51976181.2531100
2.69-2.85.80.39375281.2921100
2.8-2.936.20.26976091.2881100
2.93-3.086.30.18975791.3181100
3.08-3.286.40.14575691.3241100
3.28-3.536.40.09276231.3421100
3.53-3.886.40.06575451.2241100
3.88-4.456.30.04976041.1711100
4.45-5.66.20.04775701.2311100
5.6-506.20.02775980.989199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 17.339 / SU ML: 0.192 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.515 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3805 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.173 75817 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14424 0 396 292 15112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02215096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9192.00720464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86151864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.85624.722576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.846152664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.461564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.22328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.26589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.210321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2631.59545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.621215000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92336208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2894.55464
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1803 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.375
2BLOOSE POSITIONAL0.365
3CLOOSE POSITIONAL0.435
4DLOOSE POSITIONAL0.445
5ELOOSE POSITIONAL0.395
6FLOOSE POSITIONAL0.485
7GLOOSE POSITIONAL0.435
8HLOOSE POSITIONAL0.395
1ALOOSE THERMAL2.5210
2BLOOSE THERMAL2.510
3CLOOSE THERMAL2.1910
4DLOOSE THERMAL2.6510
5ELOOSE THERMAL2.2610
6FLOOSE THERMAL2.6310
7GLOOSE THERMAL3.0810
8HLOOSE THERMAL2.7510
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 263 -
Rwork0.254 5172 -
obs-5435 97.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36980.21950.02010.95520.21260.3931-0.0153-0.0613-0.01970.0583-0.0097-0.0479-0.07480.03650.0251-0.0295-0.0061-0.0143-0.0116-0.0067-0.0372chain a60.706-11.64-5.543
20.80540.2456-0.18860.6419-0.11910.35930.00280.0202-0.02720.0447-0.01250.03080.0622-0.02970.0097-0.0227-0.00770.0005-0.03950.0042-0.0192chain b45.115-35.626-14.007
30.4210.003-0.05560.44630.15950.8412-0.02240.0889-0.0474-0.08560.0507-0.0898-0.03580.0269-0.0284-0.021-0.00620.0355-0.0298-0.0192-0.0116chain c64.078-22.75-33.102
41.06510.1018-0.23220.43470.03570.4791-0.05440.0122-0.0496-0.00370.0236-0.04230.08390.09450.0309-0.02540.02020.0128-0.0127-0.0277-0.0158chain d24.881-61.869-41.772
50.67490.0728-0.06120.3016-0.19570.8944-0.0214-0.1129-0.12210.01720.04550.02820.01020.0068-0.0242-0.03830.02540.0302-0.05130.03330.0204chain e2.211-65.313-22.668
61.0012-0.12240.20440.7798-0.06120.3722-0.07090.1623-0.0415-0.07960.08170.0522-0.0061-0.0362-0.0107-0.0255-0.0453-0.0107-0.00020.0153-0.0174chain f-2.891-54.736-50.024
70.84840.22680.09461.25310.06850.2486-0.025-0.077-0.17990.0401-0.0853-0.01850.0164-0.01010.1103-0.03570.0140.0504-0.03670.04180.017chain g2.568-17.013.021
80.8067-0.22050.03370.797-0.01460.3454-0.0246-0.0265-0.11620.0380.0198-0.08860.0291-0.00420.0048-0.036-0.00550.0119-0.0440.0142-0.0018chain h9.733-14.184-58.278
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 188 - 421 / Label seq-ID: 29 - 262

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF
77GG
88HH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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