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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i89 | ||||||
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タイトル | Structure of septuple mutant of Rat Outer Mitochondrial Membrane Cytochrome B5 | ||||||
![]() | Cytochrome b5 type B | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME B5 / HEME | ||||||
機能・相同性 | ![]() Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Terzyan, S. / Zhang, X.C. / Benson, D.R. / Wang, L. / Sun, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A histidine/tryptophan pi-stacking interaction stabilizes the heme-independent folding core of microsomal apocytochrome b5 relative to that of mitochondrial apocytochrome b5. 著者: Wang, L. / Sun, N. / Terzyan, S. / Zhang, X. / Benson, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1iccS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10494.436 Da / 分子数: 4 / 断片: Water Soluble Domain / 変異: R15H/A18S/E20S/I25L/I32L/L47R/L71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / pH: 6.8 詳細: PEG8K 30%, O.2M MgAc, 0.1M Pipes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K, pH 6.80 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月20日 / 詳細: OSMIC BLUE OPTICS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19485 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ICC 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | Bsol: 50.02 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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