PDB-2i88: Crystal structure of the Channel-forming Domain of Colicin E1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i88

タイトル

Crystal structure of the Channel-forming Domain of Colicin E1

要素

Colicin-E1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / protein-membrane interactions / toxin-membrane interactions / toxin structure / voltage-gated channel / colicin

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of ion transmembrane transporter activity / pore-forming activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Elkins, P. / Bunker, A. / Cramer, W.A. / Stauffacher, C.V.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: A mechanism for toxin insertion into membranes is suggested by the crystal structure of the channel-forming domain of colicin E1
著者: Elkins, P. / Bunker, A. / Cramer, W.A. / Stauffacher, C.V.

履歴

登録	2006年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Advisory / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i88.cif.gz	45.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i88.ent.gz	32.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a87 1cii 1col 1ujw
類似構造データ	3zqk-1 1lhw-d 3lgr-d 1c5f-1 3g7x-1 3ich-d 4cua-2 6snk-1 1ao3-2 4i9y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Colicin-E1

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.46, 87.46, 59.10
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Colicin-E1 分子量: 21196.420 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DM1187 / 遺伝子: cea / プラスミド: pSKHY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02978
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 50 mM MES at pH 6.0 25 mM Tris-HCl pH 7-8 100 mM NaCo or NaNO3 23-27% PEG 3350 very sensitive to temperatue stabilized by slow addition to of PEG 20,000 to 2-3%, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→32 Å / Num. all: 7727 / Num. obs: 6684 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 51.5 Å² / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 13.97
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 683 / % possible all: 61.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
DENZO		データ削減
CCP4	(ROTAVATA)	データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.5→32 Å / σ(F): 1 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	562	-	random
R_work	0.172	-	-	-
all	0.182	7730	-	-
obs	0.176	6684	86.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.885 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1392	0	0	22	1414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.013

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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