[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3lgr: Xylanase II from Trichoderma reesei cocrystallized with tris-dipi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lgr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Xylanase II from Trichoderma reesei cocrystallized with tris-dipicolinate europium | |||||||||
Components | Endo-1,4-beta-xylanase 2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Europium tris-dipicolinate complex / Glycoprotein / Glycosidase / Xylan degradation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Hypocrea jecorina (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 1.64 Å | |||||||||
Authors | Pompidor, G. / Kahn, R. / Maury, O. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2010 Title: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction. Authors: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lgr.cif.gz | 57.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3lgr.ent.gz | 43.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lgr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lgr_validation.pdf.gz | 426.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3lgr_full_validation.pdf.gz | 429.6 KB | Display | |
Data in XML | 3lgr_validation.xml.gz | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3lgr_validation.cif.gz | 21.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgr | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 20838.436 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hypocrea jecorina (fungus) / Gene: xyn2 / Production host: Trichoderma longibrachiatum (fungus) / References: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS A EU COMPLEXED WITH 3 PDC LIGANDS. THE COMPLEX IS LOCATED ...AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS A EU COMPLEXED WITH 3 PDC LIGANDS. THE COMPLEX IS LOCATED ON A CRYSTALLOG | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.57 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 35 % PEG 3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Date: Jul 1, 2007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 7.5 / Number: 106992 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / D res high: 1.635 Å / D res low: 19.514 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 94 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.63→19.51 Å / Num. obs: 23239 / % possible obs: 94 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.63→1.72 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 89.1 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 23225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.64→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 8.272 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→19.51 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.635→1.677 Å / Total num. of bins used: 20
|