PDB-2i6f: Receiver domain from Myxococcus xanthus social motility protein FrzS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i6f

タイトル

Receiver domain from Myxococcus xanthus social motility protein FrzS

要素

Response regulator FrzS

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Social motility / signaling / receiver domain / two-component

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Echols, N. / Fraser, J. / Merlie, J. / Zusman, D. / Alber, T.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: An atypical receiver domain controls the dynamic polar localization of the Myxococcus xanthus social motility protein FrzS.
著者: Fraser, J.S. / Merlie, J.P. / Echols, N. / Weisfield, S.R. / Mignot, T. / Wemmer, D.E. / Zusman, D.R. / Alber, T.

履歴

登録	2006年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i6f.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i6f.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gkgSC 2nt3C 2nt4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r5r-1 3r5w-10 2pr7-2 3s2x-1 3kto-4 3uvt-3 4owl-4 3h1e-d 3cab-d 6wje-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator FrzS

B: Response regulator FrzS

C: Response regulator FrzS

ヘテロ分子

41.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator FrzS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Response regulator FrzS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Response regulator FrzS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.479, 142.479, 37.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Response regulator FrzS 分子量: 13686.523 Da / 分子数: 3 / 断片: Receiver domain (residues 1-124) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: frzS / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21+ / 参照: UniProt: Q1D4U9, UniProt: O68522*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月9日
放射	モノクロメーター: Y / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 30067 / Num. obs: 30067 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4230 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2gkg

2gkg

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 8.59 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25369	1518	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21991	-	-	-
obs	0.22167	30067	98.5 %	-
all	-	30067	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2666	0	4	266	2936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.826	1.983	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.671	3	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.807	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.555	25.088	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.971	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.105	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.075	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.091	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.136	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.185	1.5	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.025	1.5	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.316	2	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.414	3	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.674	4.5	817

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	229	-
R_work	0.35	3977	-
obs	-	3977	97.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8971	-0.4052	-0.165	1.0867	0.0762	2.0213	0.0536	-0.0558	0.057	0.0209	0.0235	-0.0265	-0.184	-0.0471	-0.0771	-0.0437	0.015	-0.0074	-0.0818	0.0132	-0.0456	134.1581	90.1144	1.7682
2	1.7747	-0.6541	-0.3379	2.2539	-0.127	1.5803	0.0408	0.0316	-0.0066	-0.0698	-0.0568	0.0551	-0.0927	-0.0855	0.016	-0.0737	0.0747	-0.0127	-0.0266	-0.0168	-0.0759	108.3281	94.1131	21.4326
3	4.539	-0.2968	1.5208	5.8445	0.5215	1.6395	-0.105	-0.5565	0.8516	0.2501	-0.1504	0.667	-0.2118	-0.3075	0.2554	-0.0877	-0.0055	0.0487	-0.0479	-0.1568	0.2233	141.3783	113.5765	8.5706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 124	4 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 123	6 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 120	6 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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