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- PDB-4owl: Crystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4owl
タイトルCrystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Beta-Trefoil Lectin with N-Acetyl-D-Lactosamine Bound
要素Cytolysin
キーワードTOXIN / lectin / pore-forming toxin / Beta-trefoil / R-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Cytolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kaus, K. / Olson, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI101977 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Glycan Specificity of the Vibrio vulnificus Hemolysin Lectin Outlines Evolutionary History of Membrane Targeting by a Toxin Family.
著者: Kaus, K. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Olson, R.
履歴
登録2014年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.32015年10月7日Group: Other
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 1.52017年11月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytolysin
B: Cytolysin
C: Cytolysin
D: Cytolysin
E: Cytolysin
F: Cytolysin
G: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,49818
ポリマ－107,9417
非ポリマー2,55711
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5122
ポリマ－15,4201
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8032
ポリマ－15,4201
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8963
ポリマ－15,4201
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8963
ポリマ－15,4201
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8963
ポリマ－15,4201
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8963
ポリマ－15,4201
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
G: Cytolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6002
ポリマ－15,4201
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)326.905, 79.843, 55.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Cytolysin


分子量: 15420.086 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 338-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV2_0404,vvhA / プラスミド: pNGFP-BC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: P19247
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 100 mM TRIS, pH 8.25, 6% PEG 8000, 2 mM N-acetyl-D-lactosamine: cryoprotected in 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 83123 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.993 / Net I/av σ(I): 23.955 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 375224
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.184.30.69382500.80199.9
2.18-2.264.70.55982670.961100
2.26-2.374.60.48683110.994100
2.37-2.494.70.31182911.137100
2.49-2.654.70.22582931.41999.9
2.65-2.854.60.17682811.78799.9
2.85-3.144.60.12983042.55399.9
3.14-3.594.50.09583173.26599.8
3.59-4.524.30.06783453.79899.8
4.52-1004.20.05784643.49499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000704xデータ削減
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→40.162 Å / FOM work R set: 0.8897 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 4152 5 %
Rwork0.1621 78956 -
obs0.1634 83108 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.63 Å2 / Biso mean: 52.05 Å2 / Biso min: 14.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→40.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7017 0 347 529 7893
Biso mean--76.35 45.83 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2829975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7432563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0999-2.12380.24261300.206825942724100
2.1238-2.14880.21081260.184526502776100
2.1488-2.1750.22251170.170526252742100
2.175-2.20250.1781220.165126322754100
2.2025-2.23150.19521220.179826602782100
2.2315-2.26210.27171130.219926172730100
2.2621-2.29440.23241400.194926132753100
2.2944-2.32860.21841630.171626172780100
2.3286-2.3650.19351360.160226432779100
2.365-2.40380.19891300.156426182748100
2.4038-2.44520.19961430.154526182761100
2.4452-2.48970.17731630.149526172780100
2.4897-2.53750.18711240.152826412765100
2.5375-2.58930.1981370.155725812718100
2.5893-2.64560.19041520.150426612813100
2.6456-2.70710.21621660.163125612727100
2.7071-2.77480.18511390.154526662805100
2.7748-2.84980.2011290.162326182747100
2.8498-2.93370.19371280.158426502778100
2.9337-3.02830.18551270.160526212748100
3.0283-3.13650.19331510.16826192770100
3.1365-3.26210.21021530.170226482801100
3.2621-3.41040.21441510.177125822733100
3.4104-3.59010.21921260.173326662792100
3.5901-3.81490.17911460.159126292775100
3.8149-4.10920.1531390.14826362775100
4.1092-4.52220.13661440.130226482792100
4.5222-5.17540.1411390.13282646278599
5.1754-6.5160.19161550.16732656281199
6.516-40.16960.19921410.19252723286499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29970.5970.52941.4170.83781.19790.071-0.27210.2186-0.0828-0.3360.5299-0.0753-0.49120.14580.3119-0.0287-0.08071.1586-0.1320.9352329.354183.502269.9772
23.04270.1646-0.47572.14540.4951.08540.1890.6227-0.7138-0.2538-0.29080.439-0.1261-0.66090.03840.32370.0218-0.16091.0018-0.12960.8753340.802662.947847.5926
34.62561.30161.32363.42430.92953.5197-0.15061.1207-0.6199-0.55320.18530.36780.0728-0.2916-0.02980.3582-0.0334-0.12920.5623-0.15140.5283371.85956.334640.9717
42.84290.75670.11773.10021.54263.63170.04260.09630.0192-0.2681-0.0120.0385-0.2540.0419-0.03090.30.02870.01040.1085-0.01380.1616398.024270.640954.2212
52.4239-0.3049-0.93113.84641.06993.2206-0.004-0.09220.04940.09260.0262-0.07-0.05810.1609-0.04210.23670.0019-0.01010.13270.00620.1158400.380991.169578.9005
64.2668-0.4599-0.65633.20750.54223.63870.218-0.18710.25450.0261-0.20670.3748-0.2016-0.23530.01620.2653-0.02520.04040.2015-0.05510.2425376.5995105.289295.7695
73.4470.45330.76540.37070.73521.48550.1377-0.8030.78110.2125-0.55490.8047-0.0463-1.11510.19140.30950.00390.02470.9613-0.26820.9475345.092101.667391.7562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA337 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB337 - 467
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC337 - 467
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD335 - 471
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE336 - 467
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF337 - 467
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG337 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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