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- PDB-2i5m: Crystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5m
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB variant A46K S48R
要素Cold shock protein cspB
キーワードGENE REGULATION / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold / cold shock domain / beta-barrel / DNA binding protein / expression regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / regulation of gene expression / nucleic acid binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins ...Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Optimized variants of the cold shock protein from in vitro selection: structural basis of their high thermostability.
著者: Max, K.E. / Wunderlich, M. / Roske, Y. / Schmid, F.X. / Heinemann, U.
履歴
登録2006年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5252
ポリマ－7,5001
非ポリマー241
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
X: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子

X: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0494
ポリマ－15,0012
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646y+1,x-1,-z+11
Buried area1270 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.627, 58.627, 46.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cold shock protein cspB / Major cold shock protein


分子量: 7500.345 Da / 分子数: 1 / 変異: A46K, S48R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cspB, cspA / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P32081
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization ...詳細: reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator, Si-111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→20 Å / Num. all: 4700 / Num. obs: 4621 / % possible obs: 98.319 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.593 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 26.65
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. measured obs: 2087 / Num. unique all: 390 / % possible all: 83.3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.419 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.598 / Cor.coef. Io to Ic: 0.577
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å8 Å
Translation3 Å8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345v. 0.9.31データ収集
XDSVERSION June 2005データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1CSP

1csp


解像度: 2.3→19.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.41 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 214 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.205 4231 98.624 %-
all-4290 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å21.04 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----3.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.197 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数521 0 1 23 545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.921722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.01831094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.867565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1580.263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0610.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5822322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0663514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4834.5218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3866208
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 15 -
Rwork0.244 288 -
obs-303 97.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.644 Å / Origin y: -24.9506 Å / Origin z: 12.3127 Å
111213212223313233
T0.1454 Å20.0897 Å20.0141 Å2-0.0659 Å2-0.0325 Å2--0.1615 Å2
L5.0602 °2-0.9044 °20.9051 °2-5.0971 °2-2.6991 °2--11.3731 °2
S0.1392 Å °0.2668 Å °-0.1636 Å °-0.6985 Å °-0.0766 Å °-0.1114 Å °0.5213 Å °0.0672 Å °-0.0625 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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