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- PDB-1oai: Complex between Tap UBA domain and FxFG nucleoporin peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oai
タイトルComplex between Tap UBA domain and FxFG nucleoporin peptide
要素
  • FXFG NUCLEOPORIN PEPTIDE
  • NUCLEAR RNA EXPORT FACTOR
キーワードNUCLEAR TRANSPORT / NUCLEAR TRANSPORT FACTOR / NUCLEOPORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Leucine-rich repeat / RNA-binding domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1 Å
データ登録者Grant, R.P. / Neuhaus, D. / Stewart, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for the Interaction between the Tap/Nxf1 Uba Domain and Fg Nucleoporins at 1 A Resolution
著者: Grant, R.P. / Neuhaus, D. / Stewart, M.
履歴
登録2003年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR RNA EXPORT FACTOR
B: FXFG NUCLEOPORIN PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7302
ポリマ－7,7302
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.974, 42.974, 66.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2027-

HOH

21A-2028-

HOH

31A-2029-

HOH

41B-2006-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NUCLEAR RNA EXPORT FACTOR / TAP / TIP ASSOCIATING PROTEIN / MRNA EXPORT FACTOR TAP


分子量: 6797.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA DOMAIN, RESIDUES 561-619 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU9
#2: タンパク質・ペプチド FXFG NUCLEOPORIN PEPTIDE


分子量: 931.967 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEOPORIN PEPTIDE, RESIDUES 10-18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: AS DESCRIBED IN MANUSCRIPT, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMammonium acetate1reservoirpH6.5
21.9 Mammonium sulfate1reservoir
310 mMdithiothreitol1reservoir
41 mMEDTA1reservoir
51.3 mMTap UBA1drop
62.3 mMFxFG peptide1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ASCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→24.85 Å / Num. obs: 38728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.56 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 5.334
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 4.77 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 39136 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Num. measured all: 217401
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.256 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 1932 5 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs-36943 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数542 0 0 127 669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.021554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9471.928742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88731083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.602566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9321.5339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0142537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8713215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6114.5205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1→1.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.217 113
Rwork0.234 2620
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: '5.1.24 24/04/2001' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.94
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.001 Å / 最低解像度: 1.026 Å / Rfactor Rfree: 0.217 / Num. reflection Rfree: 2620 / Rfactor Rwork: 0.234 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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