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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i44 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of serine-threonine phosphatase 2C from Toxoplasma gondii | ||||||
![]() | Serine-threonine phosphatase 2C | ||||||
![]() | HYDROLASE / phosphatase / PSI-2 / 8817z / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swamianthan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rxdC ![]() 2fh7C ![]() 2g59C ![]() 2hcmC ![]() 2hhlC ![]() 2hxpC ![]() 2hy3C ![]() 2i0oC ![]() 2i1yC ![]() 2iq1C ![]() 2irmC ![]() 2isnC ![]() 2nv5C ![]() 2oycC ![]() 2p27C ![]() 2p4uC ![]() 2p69C ![]() 2p8eC ![]() 2pbnC ![]() 2q5eC ![]() 2qjcC ![]() 2r0bC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36628.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG8000, 0.1M Na Cacodylate, 0.2M Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 66254 / Num. obs: 66254 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 4428 / % possible all: 61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Residues listed in remark 465 were not modeled due to lack of electron density. The metal ions are modeled as calcium based on coordination geometry. Further biochemical analysis may be ...詳細: Residues listed in remark 465 were not modeled due to lack of electron density. The metal ions are modeled as calcium based on coordination geometry. Further biochemical analysis may be required to confirm the type of metal ion.
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→50 Å
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拘束条件 |
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