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- PDB-2i1j: Moesin from Spodoptera frugiperda at 2.1 angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i1j
タイトルMoesin from Spodoptera frugiperda at 2.1 angstroms resolution
要素Moesin
キーワードcell adhesion / Membrane Protein / FERM / coiled-coil / C-ERMAD / ERM / moesin / radixin / ezrin / merlin / actin binding / masking / regulation / self-inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


rhabdomere / microvillus / animal organ morphogenesis / adherens junction / neuron differentiation / actin binding / cytoskeleton / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #10 / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #10 / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helix non-globular / Special / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UREA / Moesin/ezrin/radixin homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, Q. / Nance, M.R. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Self-masking in an Intact ERM-merlin Protein: An Active Role for the Central alpha-Helical Domain.
著者: Li, Q. / Nance, M.R. / Kulikauskas, R. / Nyberg, K. / Fehon, R. / Karplus, P.A. / Bretscher, A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2006年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THIS PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Moesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0937
ポリマ－67,6611
非ポリマー4326
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Moesin
ヘテロ分子

A: Moesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,18514
ポリマ－135,3212
非ポリマー86412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area48820 Å2
手法PISA
3
A: Moesin
ヘテロ分子

A: Moesin
ヘテロ分子

A: Moesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,27821
ポリマ－202,9823
非ポリマー1,29618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.739, 123.739, 283.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-656-

HOH

21A-826-

HOH

31A-851-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Moesin


分子量: 67660.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0T1L9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 15% PEG 8000, 50 mM phosphoserine, 800 mM NaCl, 1 M urea, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 112 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.72 Å / Num. obs: 43611

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / SU B: 2.248 / SU ML: 0.063 / ESU R: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 --
Rwork0.179 --
obs0.176 43611 88.54 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.063 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3972 0 27 411 4410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.965491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3137121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2845480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17824.185227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68315803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.23044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1080.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.22723191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.962966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.87843883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.57961945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.62481608
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.151 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.163 2506 -
Rfree-0 -
obs--69.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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