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- PDB-2i0i: X-ray crystal structure of Sap97 PDZ3 bound to the C-terminal pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i0i
タイトルX-ray crystal structure of Sap97 PDZ3 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6
要素
  • Disks large homolog 1
  • peptide E6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Sap97 PDZ3 / HPV18 E6 / tumor suppressor / cervical carcinoma
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / reproductive structure development / hard palate development / establishment of centrosome localization ...tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / reproductive structure development / hard palate development / establishment of centrosome localization / negative regulation of p38MAPK cascade / embryonic skeletal system morphogenesis / structural constituent of postsynaptic density / astral microtubule organization / epithelial structure maintenance / immunological synapse formation / myelin sheath abaxonal region / lateral loop / receptor localization to synapse / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / peristalsis / cell projection membrane / cortical microtubule organization / smooth muscle tissue development / paranode region of axon / bicellular tight junction assembly / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of potassium ion transport / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / node of Ranvier / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / protein-containing complex localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Synaptic adhesion-like molecules / amyloid precursor protein metabolic process / RAF/MAP kinase cascade / ureteric bud development / endothelial cell proliferation / lens development in camera-type eye / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of myelination / cortical actin cytoskeleton organization / receptor clustering / positive regulation of actin filament polymerization / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / kinesin binding / microvillus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / basement membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density, intracellular component / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / phosphatase binding / potassium channel regulator activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / ionotropic glutamate receptor binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / T-tubule / actin filament polymerization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / basal plasma membrane / regulation of membrane potential / T cell activation / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / synaptic membrane / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / cerebral cortex development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / synaptic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / protein localization / cell junction / regulation of protein localization / presynaptic membrane / regulation of cell shape / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / host cell cytoplasm / microtubule / cell population proliferation / molecular adaptor activity / postsynaptic density / cell adhesion / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK ...L27-1 / L27_1 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, X.S. / Zhang, Y. / Dasgupta, J. / Banks, L. / Thomas, M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Structures of a Human Papillomavirus (HPV) E6 Polypeptide Bound to MAGUK Proteins: Mechanisms of Targeting Tumor Suppressors by a High-Risk HPV Oncoprotein.
著者: Zhang, Y. / Dasgupta, J. / Ma, R.Z. / Banks, L. / Thomas, M. / Chen, X.S.
#1: ジャーナル: Oncogene / 年: 2001
タイトル: HPV E6 and MAGUK protein interactions: determination of the molecular basis for specific protein recognition and degradation.
著者: Thomas, M. / Glaunsinger, B. / Pim, D. / Javier, R. / Banks, L.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 1
D: peptide E6
B: Disks large homolog 1
E: peptide E6
C: Disks large homolog 1
F: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1726
ポリマ－29,1726
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Disks large homolog 1
D: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7242
ポリマ－9,7242
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Disks large homolog 1
E: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7242
ポリマ－9,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5010 Å2
手法PISA
3
C: Disks large homolog 1
F: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7242
ポリマ－9,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.167, 61.919, 57.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 1 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97


分子量: 8776.911 Da / 分子数: 3 / 断片: PDZ3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62696
#2: タンパク質・ペプチド peptide E6


分子量: 947.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this peptide can be found in human papillomavirus type 18 (virus).
参照: UniProt: P06463
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月7日
放射モノクロメーター: copper K alpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 6843 / Num. obs: 6381 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1594112.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 360 5.6 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 6381 93.2 %-
all-6843 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2021 Å2 / ksol: 0.301438 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å23.62 Å2
2--6.72 Å20 Å2
3----7.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 0 76 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.662.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 50 5.2 %
Rwork0.357 903 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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