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- PDB-2i0l: X-ray crystal structure of Sap97 PDZ2 bound to the C-terminal pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i0l
タイトルX-ray crystal structure of Sap97 PDZ2 bound to the C-terminal peptide of HPV18 E6.
要素
  • Disks large homolog 1
  • peptide E6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SAP97 PDZ2 / HPV18 E6 / tumor suppressor / carcinoma
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / establishment of centrosome localization / hard palate development / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis ...tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / establishment of centrosome localization / hard palate development / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / structural constituent of postsynaptic density / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / astral microtubule organization / embryonic skeletal system morphogenesis / negative regulation of p38MAPK cascade / epithelial structure maintenance / reproductive structure development / immunological synapse formation / lateral loop / receptor localization to synapse / myelin sheath abaxonal region / peristalsis / smooth muscle tissue development / bicellular tight junction assembly / cortical microtubule organization / cell projection membrane / paranode region of axon / Trafficking of AMPA receptors / protein localization to synapse / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of potassium ion transport / protein-containing complex localization / node of Ranvier / amyloid precursor protein metabolic process / endothelial cell proliferation / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / cortical actin cytoskeleton organization / lens development in camera-type eye / regulation of myelination / ureteric bud development / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / receptor clustering / microvillus / kinesin binding / basement membrane / immunological synapse / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / bicellular tight junction / postsynaptic density, intracellular component / lateral plasma membrane / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / potassium channel regulator activity / phosphatase binding / T cell proliferation / ionotropic glutamate receptor binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / negative regulation of T cell proliferation / actin filament polymerization / T-tubule / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / T cell activation / actin filament organization / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / synaptic membrane / postsynaptic density membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuromuscular junction / cell-cell adhesion / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / synaptic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell junction / nervous system development / regulation of cell shape / regulation of protein localization / presynaptic membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / basolateral plasma membrane / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / microtubule / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK ...L27-1 / L27_1 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Chen, X.S. / Zhang, Y. / Dasgupta, J. / Banks, L. / Thomas, M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Structures of a Human Papillomavirus (HPV) E6 Polypeptide Bound to MAGUK Proteins: Mechanisms of Targeting Tumor Suppressors by a High-Risk HPV Oncoprotein.
著者: Zhang, Y. / Dasgupta, J. / Ma, R.Z. / Banks, L. / Thomas, M. / Chen, X.S.
#1: ジャーナル: Oncogene / 年: 2001
タイトル: HPV E6 and MAGUK protein interactions: determination of the molecular basis for specific protein recognition and degradation.
著者: Thomas, M. / Glaunsinger, B. / Pim, D. / Javier, R. / Banks, L.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 1
C: peptide E6
B: Disks large homolog 1
D: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5804
ポリマ－19,5804
非ポリマー00
水3,027168
1
A: Disks large homolog 1
C: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7902
ポリマ－9,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Disks large homolog 1
D: peptide E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7902
ポリマ－9,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.902, 44.183, 52.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 1 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97


分子量: 8843.124 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62696
#2: タンパク質・ペプチド peptide E6


分子量: 947.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this peptide can be found in human papillomavirus type 18 (virus)
参照: UniProt: P06463
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日
放射モノクロメーター: 1.54 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 7989 / Num. obs: 6978 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→26.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1318174.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 387 5.5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 6978 88.5 %-
all-7989 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 79.7247 Å2 / ksol: 0.307337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å21.8 Å2
2---4.63 Å20 Å2
3---2.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→26.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 0 168 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 51 4.8 %
Rwork0.325 1016 -
obs--81.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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