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- PDB-3jxt: Crystal structure of the third PDZ domain of SAP-102 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jxt
タイトルCrystal structure of the third PDZ domain of SAP-102 in complex with a fluorogenic peptide-based ligand
要素
  • Disks large homolog 3
  • Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / SAP102 / DLG3 / Stargazin / 4-DMAP / 4DB / PDZ domain / solvatochromic flurophore / fluorogenic probe / Calcium channel / Calcium transport / Ion transport / Ionic channel / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / establishment of planar polarity / Trafficking of AMPA receptors / Neurexins and neuroligins / structural constituent of postsynaptic density / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / receptor localization to synapse / cerebellar mossy fiber ...Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / establishment of planar polarity / Trafficking of AMPA receptors / Neurexins and neuroligins / structural constituent of postsynaptic density / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / receptor localization to synapse / cerebellar mossy fiber / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / protein localization to synapse / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of AMPA receptor activity / membrane hyperpolarization / nervous system process / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / protein targeting to membrane / voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neuromuscular junction development / receptor clustering / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor complex / membrane depolarization / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / bicellular tight junction / phosphatase binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / postsynaptic density, intracellular component / voltage-gated calcium channel activity / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / dendritic shaft / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / cell-cell adhesion / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / kinase binding / response to calcium ion / nervous system development / cell-cell junction / growth cone / protein phosphatase binding / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / neuron projection / postsynaptic density / protein domain specific binding / neuronal cell body / synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Disks Large homologue 3, SH3 domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / : ...Disks Large homologue 3, SH3 domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / Guanylate kinase-like domain profile. / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Disks large homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sainlos, M. / Olivier, N.B. / Imperiali, B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Caged mono- and divalent ligands for light-assisted disruption of PDZ domain-mediated interactions.
著者: Sainlos, M. / Iskenderian-Epps, W.S. / Olivier, N.B. / Choquet, D. / Imperiali, B.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 3
B: Disks large homolog 3
C: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
D: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0965
ポリマ－24,0374
非ポリマー591
水6,125340
1
A: Disks large homolog 3
D: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0773
ポリマ－12,0182
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-2.9 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
2
B: Disks large homolog 3
C: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0182
ポリマ－12,0182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-2.5 kcal/mol
Surface area5490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.597, 54.215, 86.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the monomeric complex composed of one PDZ domain and its ligand.

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 3 / Synapse-associated protein 102 / SAP102 / PSD-95/SAP90-related protein 1


分子量: 11145.364 Da / 分子数: 2 / 断片: Third PDZ domain: UNP residues 393-493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg3, Dlgh3 / プラスミド: pET-NO, modified pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: Q62936
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin


分子量: 872.987 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal motif of Stargazin: UNP O88602 residues 318-323
Mutation: R318(4DB) / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide ligand obtained by solid phase peptide synthesis
参照: UniProt: O88602
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.0 M Sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 37896 / Num. obs: 37820 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 16.346 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 28.19
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.94 / Num. unique all: 3720 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3JVQ

3jvq
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.5→45.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21442 1886 5 %RANDOM
Rwork0.18511 ---
all0.18659 35937 --
obs0.18659 35869 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 4 340 1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0221572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.28922117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4155196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.84122.20668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01215245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5691518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3160.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1931.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.40821572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6443576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7954.5545
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 125 -
Rwork0.246 2604 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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