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- PDB-2hrm: Crystal structure of dUTPase complexed with substrate analogue me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hrm
タイトルCrystal structure of dUTPase complexed with substrate analogue methylene-dUTP
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / JELLY ROLL / ENZYME-SUBSTRATE ANALOGUE LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / protein homotrimerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UC5 / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Barabas, O. / Kovari, J. / Tapai, R. / Vertessy, B.G.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Methylene substitution at the alpha-beta bridging position within the phosphate chain of dUDP profoundly perturbs ligand accommodation into the dUTPase active site.
著者: Kovari, J. / Barabas, O. / Varga, B. / Bekesi, A. / Tolgyesi, F. / Fidy, J. / Nagy, J. / Vertessy, B.G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Phosphate Ester Hydrolysis by dUTPase.
著者: Barabas, O. / Pongracz, V. / Kovari, J. / Wilmanns, M. / Vertessy, B.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Atomic Resolution Structure of Escherichia Coli Dutpase Determined Ab Initio
著者: Gonzalez, A. / Larsson, G. / Persson, R. / Cedergren-Zeppezauer, E.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7513
ポリマ－16,3031
非ポリマー4482
水2,450136
1
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2539
ポリマ－48,9083
非ポリマー1,3456
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.650, 75.650, 101.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-864-

HOH

21A-875-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-y,1+x-y,z and -x+y,1-x,z

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 16302.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dut / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06968, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-UC5 / 2'-DEOXY-5'-O-[(S)-HYDROXY(PHOSPHONOMETHYL)PHOSPHORYL]URIDINE


分子量: 386.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O10P2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 19276 / Num. obs: 19276 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 28.27 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.19 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3034 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUW

1euw


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.355 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19559 987 5.1 %RANDOM
Rwork0.16823 ---
all0.16956 18283 --
obs0.16956 18283 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1012 0 28 136 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6772.0111509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86132439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4825147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74625.12839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25915178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.198154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7021.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1161.5286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.92661137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3310425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.90320366
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 68 -
Rwork0.264 1325 -
obs-1393 99.57 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.5011 Å / Origin y: 15.8307 Å / Origin z: 4.9283 Å
111213212223313233
T-0.0331 Å20.0056 Å2-0.0027 Å2--0.0276 Å2-0.0299 Å2---0.0179 Å2
L0.69 °20.3476 °20.0289 °2-0.8166 °20.0508 °2--0.3262 °2
S-0.0312 Å °0.0368 Å °-0.0444 Å °-0.0241 Å °-0.0454 Å °0.0599 Å °0.0226 Å °-0.0542 Å °0.0766 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1371 - 137
2X-RAY DIFFRACTION1AB7771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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