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- PDB-2heo: General Structure-Based Approach to the Design of Protein Ligands... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2heo
タイトルGeneral Structure-Based Approach to the Design of Protein Ligands: Application to the Design of Kv1.2 Potassium Channel Blockers.
要素
  • 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
  • Z-DNA binding protein 1
キーワードImmune System/DNA / PROTEIN DLM1-Z-DNA COMPLEX / Immune System-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding ...left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain profile. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain profile. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Z-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Magis, C. / Gasparini, S. / Charbonnier, J.B. / Stura, E. / Le Du, M.H. / Menez, A. / Cuniasse, P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Structure-based secondary structure-independent approach to design protein ligands: Application to the design of Kv1.2 potassium channel blockers.
著者: Magis, C. / Gasparini, D. / Lecoq, A. / Le Du, M.H. / Stura, E. / Charbonnier, J.B. / Mourier, G. / Boulain, J.C. / Pardo, L. / Caruana, A. / Joly, A. / Lefranc, M. / Masella, M. / Menez, A. / Cuniasse, P.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
A: Z-DNA binding protein 1
D: Z-DNA binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1064
ポリマ－19,1064
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.910, 79.910, 55.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細the biological assembly is dimer present in the asymmetric unit, no need to symmetry operations

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Z-DNA binding protein 1 / Tumor stroma and activated macrophage protein DLM-1


分子量: 7438.605 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-TERMINAL WINGED-HELIX DOMAIN ZALPHA / Mutation: K130A, G132F, E162S, A164K, T165Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zbp1 / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9QY24
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 4000, 0.2M Na/K phosphate, 0.1M MES, 5mM Bmercapto-ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Na/K phosphate11
3MES11
4Bmercapto-ethanol11
5H2O11
6PEG 400012
7Na/K phosphate12
8MES12
9Bmercapto-ethanol12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器日付: 2005年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→65 Å / Num. obs: 22226 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3227 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J75

1j75


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 7.467 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30507 1129 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.2414 22241 --
obs0.248 21057 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.25 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 246 0 228 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0072.2531712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1985114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.54325.26338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33215195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.039155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2680.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.5604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3142958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0023807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6954.5754
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 98 -
Rwork0.315 1525 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5439-2.432-1.22044.8850.36173.13760.30270.28390.1433-0.4773-0.23080.0914-0.1511-0.1384-0.0718-0.03330.01950.0263-0.15070.0108-0.2056-10.94569.801-2.523
21.59241.6171-1.64886.0612.79186.2215-0.00110.1437-0.14770.10390.1599-0.14070.25940.1657-0.1589-0.0643-0.0439-0.0364-0.1165-0.049-0.1568-14.96458.66.441
33.91110.4782-0.0853.3464-0.52644.7423-0.0644-0.2480.17760.13880.05430.2042-0.2691-0.23350.0101-0.0769-0.00130.003-0.06860.0026-0.1955-24.48946.63320.963
41.5671.45941.91476.19473.568710.161-0.1990.11950.09650.3590.1872-0.11130.26780.12070.0118-0.0289-0.0258-0.0303-0.1289-0.0443-0.1689-16.88255.3811.524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC113 - 17010 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2BA201 - 2062 - 7
3X-RAY DIFFRACTION3DD113 - 16910 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4EB201 - 2062 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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