[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6egn: Crystal Structure of a Three-stranded Coiled Coil Peptide Contain... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6egn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of a Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing a Trigonal Planar Hg(II)S3 Site Modified by D-Leu in the Second Coordination Sphere | ||||||
Components | Hg(II)(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3- | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / De Novo Three-stranded Helical Coiled Coil Peptide / Hg(II)S3 complex / D-amino acids / D-Leu / Trigonal Planar Hg(II) Structure | ||||||
Function / homology | : / PROLINE Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Chemistry / Year: 2019 Title: How Outer Coordination Sphere Modifications Can Impact Metal Structures in Proteins: A Crystallographic Evaluation. Authors: Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6egn.cif.gz | 63.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6egn.ent.gz | 48.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6egn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egn | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein/peptide , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein/peptide | Mass: 4138.846 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 6 types, 174 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-HG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.69 Å3/Da / Density % sol: 73.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% w/v PEG3350 PH range: 7.5-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.84→50 Å / Num. obs: 20279 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 36.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 178615 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.84→19.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.85 Å2 / Biso mean: 46.02 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.84→19.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.84→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | L11: 0 °2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|