[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6jbf: Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site in com... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jbf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site in complex with 4'-deoxy-4'-fluoro neamine analog (axial 4'-F) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA/ANTIBIOTIC / RNA / antibiotic / RNA-ANTIBIOTIC complex | Function / homology | Chem-V71 / RNA / RNA (> 10) | ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Kanazawa, H. / Auffinger, P. / Hanessian, S. / Kondo, J. | Funding support | | ![]()
![]() ![]() Title: Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site in complex with 4'-deoxy-4'-fluoro neamine analog (axial 4'-F) Authors: Kondo, J. / Hanessian, S. / Kanazawa, H. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 64.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 44.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 740.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 741 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6jbgC ![]() 1j7tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 7370.424 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Sugar | ChemComp-V71 / ( | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density % sol: 34.1 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 3350, NaCl, spermine tetrahydrochloride, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→42.543 Å / Num. obs: 6744 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.782 % / Biso Wilson estimate: 35.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 25.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1J7T Resolution: 2.6→42.543 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.94
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.41 Å2 / Biso mean: 32.58 Å2 / Biso min: 13.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→42.543 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
|