[日本語] English
万見
- PDB-1j7t: Complex between Paromomycin and the 16S-rRNA A-site at 2.5 A reso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7t
タイトルComplex between Paromomycin and the 16S-rRNA A-site at 2.5 A resolution
要素5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / RNA-aminoglycoside interactions / A site / UoU pairs / AA bulges
機能・相同性PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vicens, Q. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of paromomycin docked into the eubacterial ribosomal decoding A site.
著者: Vicens, Q. / Westhof, E.
履歴
登録2001年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3284
ポリマ－14,0972
非ポリマー1,2312
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.000, 45.900, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Escherichia coli 16S rRNA A site
#2: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: MPD, NaCl, MgSO4, glycerol, Na cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2NaCl11
3MgSO411
4glycerol11
5sodium cacodylate11
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.75-2.5 %1drop
20.5-1 %glycerol1drop
32 mMparomomycin1drop
456.25-131.25 mM1dropNaCl
52.5-7.5 mM1dropMgSO4
662.5 mMsodium cacodylate1droppH6.4
70.5 mMRNA1drop
840-60 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月28日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. all: 5144 / Num. obs: 5144 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 5278 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model containing the 16S rRNA A site as solved in the crystallographic structure of the 30S ribosomal particle complexed to paromomycin

解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.5
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 395 -random
Rwork0.206 ---
all-5278 --
obs-4772 90.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 898 84 54 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011222
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64474
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d10.12787
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5716
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg10.12787
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.5716

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る