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- PDB-6egm: Crystal Structure of a de novo Three-stranded Coiled Coil Peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6egm
タイトルCrystal Structure of a de novo Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing D-Leu in a d-site Position of a Tris-thiolate Binding Site
要素Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3
キーワードDE NOVO PROTEIN / Three-stranded Coiled Coil Peptide / D-Leu / Metalloprotein / Engineered Protein / D-amino acids
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01ES012236 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: How Outer Coordination Sphere Modifications Can Impact Metal Structures in Proteins: A Crystallographic Evaluation.
著者: Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.title ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1802
ポリマ－4,1151
非ポリマー651
水79344
1
A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3
ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3
ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5416
ポリマ－12,3443
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.898, 37.898, 140.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

HOH

21A-241-

HOH

31A-243-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Apo-(GRAND CoilSerL16CL19(DLE))3


分子量: 4114.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 3615 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 49750
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.8680.1243170.990.0490.1341.169100
1.86-1.980.1153310.9930.0440.1231.2100
1.9-1.9380.1053090.9960.0410.1131.177100
1.93-1.9780.0953480.9940.0360.1021.14100
1.97-2.017.90.0893280.9950.0350.0961.13100
2.01-2.067.70.0873360.9950.0340.0941.204100
2.06-2.117.90.0793330.9960.0310.0851.146100
2.11-2.177.60.0783190.9960.0310.0841.133100
2.17-2.237.40.0683440.9960.0280.0741.134100
2.23-2.317.50.073220.9960.0280.0751.139100
2.31-2.397.30.0633440.9970.0250.0681.009100
2.39-2.487.10.0633270.9970.0260.0681.057100
2.48-2.67.20.0653240.9960.0270.0711.078100
2.6-2.737.30.0643300.9970.0250.0691.047100
2.73-2.97.40.0623500.9970.0250.0671.031100
2.9-3.137.60.0563250.9970.0220.060.879100
3.13-3.447.10.0593360.9970.0250.0640.89299.4
3.44-3.947.30.0543240.9980.0210.0580.822100
3.94-4.977.60.0523280.9980.020.0560.80899.4
4.97-507.40.0543080.9960.0210.0580.79991.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.84→23.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9285 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 190 5.26 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
obs0.201 3615 99.45 %-
原子変位パラメータBiso max: 100.53 Å2 / Biso mean: 30.51 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5579 Å20 Å20 Å2
2---1.5579 Å20 Å2
3---3.1158 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.192 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→23.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数282 0 1 44 327
Biso mean--17.78 31.94 -
残基数----36
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d142SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes10HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes37HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it284HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion35SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact388SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d284HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg378HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.97
LS精密化 シェル解像度: 1.84→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 45 4.5 %
Rwork0.1527 956 -
all0.1549 1001 -
obs--99.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.019 Å / Origin y: 1.352 Å / Origin z: 26.9277 Å
111213212223313233
T0.0153 Å2-0.0142 Å20.0131 Å2-0.0047 Å20.0042 Å2---0.0234 Å2
L-0.2007 °20.0382 °20.0349 °2-0.47 °2-3.2335 °2--13.1295 °2
S-0.0716 Å °0.0513 Å °-0.0185 Å °-0.0604 Å °0.1062 Å °-0.0413 Å °-0.0139 Å °-0.2012 Å °-0.0347 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|1 - 36}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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