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万見
- PDB-1j75: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain Zalpha of DLM-1 Bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j75
タイトルCrystal Structure of the DNA-Binding Domain Zalpha of DLM-1 Bound to Z-DNA
要素
  • 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
  • Tumor Stroma and Activated Macrophage Protein DLM-1
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / PROTEIN-Z-DNA COMPLEX / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding ...left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Z-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Schwartz, T. / Behlke, J. / Lowenhaupt, K. / Heinemann, U. / Rich, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the DLM-1-Z-DNA complex reveals a conserved family of Z-DNA-binding proteins.
著者: Schwartz, T. / Behlke, J. / Lowenhaupt, K. / Heinemann, U. / Rich, A.
履歴
登録2001年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
A: Tumor Stroma and Activated Macrophage Protein DLM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4432
ポリマ－9,4432
非ポリマー00
水1,838102
1
B: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
A: Tumor Stroma and Activated Macrophage Protein DLM-1

B: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
A: Tumor Stroma and Activated Macrophage Protein DLM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8864
ポリマ－18,8864
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)63.611, 63.611, 72.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-391-

HOH

21A-335-

HOH

31A-338-

HOH

41A-339-

HOH

51A-399-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Tumor Stroma and Activated Macrophage Protein DLM-1


分子量: 7328.450 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL WINGED-HELIX DOMAIN ZALPHA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Novablue (DE3) / 参照: UniProt: Q9QY24
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M ammonium hydrogen phosphate, 15% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.0, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2ammonium hydrogen phosphate11
3ethylene glycol11
4MES11
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mMHEPES1drop
220 mM1dropNaCl
32 mMprotein1drop
415 %(w/v)PEG40001reservoir
5100 mMMES1reservoir
6100 mMammonium phosphate1reservoir
715 %(v/v)ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9102 / 波長: 0.9102 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月16日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→32 Å / Num. all: 7802 / Num. obs: 7802 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.4 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 182894
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QBJ

1qbj


解像度: 1.85→32 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: CNS 1.0 and REFMAC5 used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 826 10.6 %RANDOM R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.22152
Rwork0.218 ---
all0.225 7778 --
obs0.225 7778 99.53 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK PARAMETERS FOR MASK CALCULATION VDW PROBE RADIUS : 1.40 ION PROBE RADIUS : 0.80 SHRINKAGE RADIUS : 0.80
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数444 140 0 102 686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na0.0171.614
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.592.603
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na1.83.444
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.65.549
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 53 -
Rwork0.279 --
obs--99.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor obs: 0.22152 / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.3 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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