+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h92 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Staphylococcus aureus Cytidine Monophosphate Kinase in complex with cytidine-5'-monophosphate | ||||||
要素 | Cytidylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (d)CMP kinase / (d)CMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dhaliwal, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Structure of Staphylococcus aureus cytidine monophosphate kinase in complex with cytidine 5'-monophosphate. 著者: Dhaliwal, B. / Ren, J. / Lockyer, M. / Charles, I. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h92.cif.gz | 148.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2h92.ent.gz | 116.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h92.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h92_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2h92_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2h92_validation.xml.gz | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h92_validation.cif.gz | 43.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h92 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kdoS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24628.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: cmk / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1YBX2, UniProt: P63807*PLUS, UMP/CMP kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Hepes, 2% PEG 200, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 48287 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.9 % / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KDO 解像度: 2.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|