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- PDB-1kdo: CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH CYTIDI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kdo
タイトルCYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH CYTIDINE MONOPHOSPHATE
要素CYTIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(d)CMP kinase / : / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / guanosine tetraphosphate binding / response to X-ray / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidylate kinase / Cytidylate kinase domain / Cytidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Cytidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Sugar specificity of bacterial CMP kinases as revealed by crystal structures and mutagenesis of Escherichia coli enzyme.
著者: Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M.
履歴
登録2001年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / reflns / reflns_shell / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _reflns.d_resolution_low / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTIDYLATE KINASE
B: CYTIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6839
ポリマ－49,5572
非ポリマー1,1277
水8,125451
1
A: CYTIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3905
ポリマ－24,7781
非ポリマー6114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2944
ポリマ－24,7781
非ポリマー5153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.087, 75.736, 77.988
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTIDYLATE KINASE / E.C.2.7.4.14 / Cytidine Monophosphate Kinase / CK / CMP KINASE


分子量: 24778.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cmk / プラスミド: pHSP210 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A6I0, UMP/CMP kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.4 Mammonium sulfate1reservoir
250 mMTris-HCl1reservoirpH7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 35160 / Num. obs: 33009 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.68 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. obs: 35160 / Num. measured all: 336628 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CMK

2cmk


解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC B VALUE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: DISORDERED RESIDUES (A 1, A 2, A 226, A 227, B 1, B 2, B 226, B 227) AND DISORDERED SIDE-CHAINS (A 23, A 70, A 95, A 152, A 161, A 218, B 23, B 115, B 152, B 161, B 223) WERE NOT INCLUDED IN MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2945 10 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.202 35160 --
obs0.202 29498 92.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3376 0 67 451 3894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0043
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.3 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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