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万見
- PDB-3n7o: X-ray structure of human chymase in complex with small molecule i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n7o
タイトルX-ray structure of human chymase in complex with small molecule inhibitor.
要素Chymase
キーワードHYDROLASE / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity / protein maturation / peptide binding / secretory granule / protein catabolic process / cellular response to glucose stimulus / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / regulation of inflammatory response / : / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N7O / Unknown ligand / Chymase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Abad, M.C. / Kervinen, J. / Crysler, C. / Bayoumy, S. / Spurlino, J. / Deckman, I. / Greco, M.N. / Maryanoff, B.E. / Degaravilla, L.
引用ジャーナル: Biochem. Pharmacol. / 年: 2010
タイトル: Potency variation of small-molecule chymase inhibitors across species.
著者: Kervinen, J. / Crysler, C. / Bayoumy, S. / Abad, M.C. / Spurlino, J. / Deckman, I. / Greco, M.N. / Maryanoff, B.E. / de Garavilla, L.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3006
ポリマ－25,0101
非ポリマー1,2915
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.475, 124.475, 124.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

詳細1

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要素

#1: タンパク質 Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I


分子量: 25009.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: chymase (16-245), CMA1, CYH, CYM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23946, chymase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-N7O / (S)-[(1S)-1-(5-chloro-1-benzothiophen-3-yl)-2-{[(E)-2-(3,4-difluorophenyl)ethenyl]amino}-2-oxoethyl]methylphosphinic acid


分子量: 441.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClF2NO3PS
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 45% Methanol and 0.1M sodium malonate pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月9日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 29831 / Num. obs: 29810 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 2929 / Rsym value: 0.256

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PJP

1pjp


解像度: 1.8→39.362 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0.06 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1941 6.76 %random
Rwork0.1827 ---
obs0.1846 28721 96.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.302 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1729 0 98 162 1989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2192537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.582709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.28581250.20161737X-RAY DIFFRACTION88
1.845-1.89490.23141310.21131761X-RAY DIFFRACTION90
1.8949-1.95070.23471320.19741809X-RAY DIFFRACTION92
1.9507-2.01360.24481340.19281860X-RAY DIFFRACTION95
2.0136-2.08560.23551420.19311939X-RAY DIFFRACTION98
2.0856-2.16910.22891420.18551942X-RAY DIFFRACTION98
2.1691-2.26780.26951390.18741929X-RAY DIFFRACTION98
2.2678-2.38740.17571360.18081907X-RAY DIFFRACTION97
2.3874-2.53690.21251370.17371942X-RAY DIFFRACTION98
2.5369-2.73270.22551360.19151933X-RAY DIFFRACTION98
2.7327-3.00770.22471410.19391977X-RAY DIFFRACTION99
3.0077-3.44270.17841450.16971987X-RAY DIFFRACTION99
3.4427-4.33650.15891490.15222004X-RAY DIFFRACTION100
4.3365-39.37180.22391520.18532053X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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