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万見
- PDB-4eis: Structural basis for substrate targeting and catalysis by fungal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eis
タイトルStructural basis for substrate targeting and catalysis by fungal polysaccharide monooxygenases (PMO-3)
要素(polysaccharide monooxygenase- ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / GH61 / PMO / cellulase / biofuels / CBM33 / copper monooxygenase / peroxide / superoxide / cbp21 / beta-sandwich fold / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PEROXIDE ION / lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating)
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Li, X. / Beeson, W.T. / Phillips, C.M. / Marletta, M.A. / Cate, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural basis for substrate targeting and catalysis by fungal polysaccharide monooxygenases.
著者: Li, X. / Beeson, W.T. / Phillips, C.M. / Marletta, M.A. / Cate, J.H.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polysaccharide monooxygenase-3
B: polysaccharide monooxygenase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5547
ポリマ－48,5462
非ポリマー1,0085
水13,709761
1
A: polysaccharide monooxygenase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8014
ポリマ－24,2811
非ポリマー5203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: polysaccharide monooxygenase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7533
ポリマ－24,2651
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.740, 77.890, 82.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Polysaccharide monooxygenase- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 polysaccharide monooxygenase-3


分子量: 24281.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PMO-3 (NCU07898) was purified from Neurospora crassa secretome
由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
参照: UniProt: Q7SA19
#2: タンパク質 polysaccharide monooxygenase-3


分子量: 24265.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PMO-3 (NCU07898) was purified from Neurospora crassa secretome
由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
参照: UniProt: Q7SA19

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 764分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5, SMALL TUBES, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.592
11-h,-k,l20.408
反射解像度: 1.37→35.74 Å / Num. obs: 89009

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→35.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1492 4655 5.2 %RANDOM
Rwork0.1158 ---
obs0.1176 88930 94.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.19 Å2 / Biso mean: 14.7298 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å24.53 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→35.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3425 0 60 761 4246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9714956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8123.0037467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6925448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.09223.597139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74815467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9841512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.72136913
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.3755765
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.59956786
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.405 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 323 -
Rwork0.246 5976 -
all-6299 -
obs--90.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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