PDB-2h73: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D43E in Hexagonal (p61) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h73

タイトル

Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D43E in Hexagonal (p61) Space Group

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D43E in Hexagonal (p61) Space Group
著者: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月2日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h73.cif.gz	58.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h73.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h73_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h73_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	2h73_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2h73_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2trxS 1zzy 2fch 2fd3 2h6x 2h6y 2h70 2h71 2h72 2h74 2h75 2h76 2h7z S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h6z-1 2fch-4 2h6x-1 2tir-d 2h6x-2 1tho-d 2h71-1 2eio-2 2h72-1 2h76-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.991, 102.991, 42.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	B
2	A	A

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 11701.413 Da / 分子数: 2 / 変異: D43E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 詳細: 60% (v/v) MPD, Ac2Cu 1 mM, Hepes 15 mM pH 7.0, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 詳細: Montel Optics
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→44.6 Å / Num. all: 9672 / Num. obs: 9672 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.43 % / B_iso Wilson estimate: 49.495 Å² / R_sym value: 0.0319 / Net I/σ(I): 22.19
反射シェル	解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 8.26 % / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / Num. unique all: 574 / R_sym value: 0.2322 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
PROTEUM PLUS	2	データ削減
SADABS		データスケーリング
XPREP		データ削減
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX

2trx

解像度: 2.45→44.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.251 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 20.876 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: Throuhgout / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	462	4.818 %	Random
R_work	0.2088	-	-	-
all	0.212	9672	-	-
obs	0.212	9589	99.275 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.366 Å²	-1.683 Å²	0 Å²
2-	-	-3.366 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1645	0	16	79	1740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.991	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.677	26.528	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.752	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.675	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.265	2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.929	3	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.415	2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.976	3	611

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	Rms	タイプ	Weight
425	0.19	TIGHT POSITIONAL	0.05
351	0.6	LOOSE POSITIONAL	5
425	0.57	TIGHT THERMAL	0.5
351	2.09	LOOSE THERMAL	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.514	0.341	50	0.241	667	0.248	717	100
2.514-2.582	0.339	31	0.27	645	0.273	676	100
2.582-2.657	0.269	36	0.261	638	0.262	674	100
2.657-2.738	0.379	33	0.244	604	0.251	637	100
2.738-2.828	0.321	26	0.251	605	0.255	632	99.842
2.828-2.927	0.352	34	0.246	577	0.251	613	99.674
2.927-3.036	0.301	28	0.265	562	0.267	600	98.333
3.036-3.16	0.255	26	0.232	513	0.233	543	99.263
3.16-3.3	0.312	25	0.21	514	0.214	551	97.822
3.3-3.46	0.266	18	0.229	506	0.23	528	99.242
3.46-3.646	0.26	20	0.205	468	0.208	496	98.387
3.646-3.865	0.26	25	0.195	444	0.199	476	98.529
3.865-4.13	0.232	24	0.183	427	0.186	454	99.339
4.13-4.458	0.25	17	0.159	392	0.162	412	99.272
4.458-4.878	0.158	15	0.171	359	0.17	374	100
4.878-5.446	0.318	17	0.171	335	0.178	352	100
5.446-6.273	0.277	12	0.197	298	0.2	310	100
6.273-7.645	0.256	10	0.216	259	0.218	269	100
7.645-10.656	0.252	11	0.149	202	0.154	214	99.533
10.656-44.6	0.576	4	0.316	112	0.321	131	88.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	29.7427	0.9858	14.5229	19.0059	-8.3256	34.1337	-0.6891	-1.524	1.0004	1.4774	-0.7133	1.2049	-1.761	-1.9744	1.4024	0.1585	0.0039	0.13	0.0787	-0.2794	0.2373	-7.978	-18.495	3.974
2	4.701	-0.5097	1.4915	2.8325	0.4752	2.6416	0.3375	0.3298	0.0781	0.0206	-0.1693	0.2961	-0.0993	0.1582	-0.1682	0.0468	0.0457	0.0252	0.0649	-0.0697	0.1618	-6.71	-25.806	-3.198
3	4.5473	1.5301	2.4562	6.9606	-1.9925	9.5855	0.1215	-0.716	0.2673	0.7958	-0.0911	0.2894	-0.2724	-0.2134	-0.0303	0.0863	-0.0029	0.1132	0.094	-0.137	0.2247	-5.895	-25.516	8.297
4	4.6664	-3.4462	0.4909	4.2483	-0.7819	1.3713	0.3643	0.8532	-0.5901	-0.5373	-0.3594	0.4935	0.0215	-0.2307	-0.0049	0.1157	0.0526	-0.0317	0.1582	-0.1319	0.1507	-6.921	-30.999	-9.099
5	7.4718	2.1607	-1.6091	5.1459	-1.6747	4.6688	0.2446	-0.2895	-0.5177	0.4067	-0.1512	0.1604	0.2831	0.0962	-0.0935	0.0881	0.0135	0.0833	0.0084	-0.0403	0.2555	-1.71	-35.103	5.133
6	18.5563	2.783	-7.1802	11.0202	1	4.1538	-0.3411	0.8661	-1.0683	-0.2164	0.1752	0.6958	-0.0021	-0.6993	0.166	0.2038	0.064	0.0076	0.1899	-0.2732	0.6036	11.698	-55.534	-6.933
7	4.3258	-3.1434	-0.0172	6.1039	-0.0657	0.0017	0.3239	0.8473	-0.7138	-0.4395	-0.2194	0.0582	0.2926	0.0919	-0.1044	0.1829	0.1009	0.0223	0.2744	-0.2215	0.3068	8.321	-45.434	-7.643
8	10.5505	-1.9577	-0.6665	7.949	-1.3447	3.2711	0.0565	0.5923	-1.018	-0.0763	0.1531	-0.0643	0.0598	0.1515	-0.2096	0.1856	0.1236	-0.0518	0.2296	-0.2768	0.2607	11.754	-47.98	-6.199
9	20.4574	-2.8582	-2.0276	9.6085	0.2501	1.0773	0.0646	-0.4484	-1.1268	1.0642	0.1976	-0.3254	0.3643	0.4343	-0.2622	0.3487	0.088	-0.0491	0.159	-0.2061	0.2439	14.402	-45.277	1.31
10	12.1982	-1.9592	-0.3813	9.4829	4.6222	5.5422	0.1794	0.8383	-0.4905	0.1454	-0.1853	-0.4159	-0.0323	0.2691	0.0059	0.2468	0.0266	0.1737	0.1974	-0.1229	0.2267	17.486	-36.257	-5.469

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 6	1 - 6
2	2	A	A	7 - 40	7 - 40
3	3	A	A	41 - 58	41 - 58
4	4	A	A	59 - 80	59 - 80
5	5	A	A	81 - 108	81 - 108
6	6	B	B	1 - 16	1 - 16
7	7	B	B	17 - 43	17 - 43
8	8	B	B	44 - 71	44 - 71
9	9	B	B	72 - 87	72 - 87
10	10	B	B	88 - 108	88 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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