PDB-2h6u: Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h6u

タイトル

Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known as TRP, transthyretin related protein)

要素

5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

キーワード

HYDROLASE / 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE / TRP / URIC ACID DEGRADATION / ALLANTOIN

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zanotti, G. / Cendron, L. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Berni, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of Zebra fish HIUase: Insights into Evolution of an Enzyme to a Hormone Transporter.
著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h6u.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h6u.ent.gz	159.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h6u_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h6u_full_validation.pdf.gz	488.4 KB	表示
XML形式データ	2h6u_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	2h6u_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h1xSC 1f41 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iwu-2 3q1e-d 2h1x-d 4tl4-1 4qxc-1 3ng5-1 5ttr-1 4tm9-1 1tz8-1 3qyg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

B: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

C: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

D: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

E: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

F: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

G: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

H: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

106 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

B: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

C: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

D: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

F: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

G: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

H: 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.324, 66.737, 237.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 6 - 119 / Label seq-ID: 6 - 119

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

詳細

The biological unit is a homo-tetramer. Two of such tetramers are present in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN) 分子量: 13260.125 Da / 分子数: 8 / 変異: S2A, P6L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: GENEID:558664 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q0P422, UniProt: Q06S87*PLUS, hydroxyisourate hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

分子量: 13260.125 Da / 分子数: 8 / 変異: S2A, P6L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: GENEID:558664 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q0P422, UniProt: Q06S87*PLUS, hydroxyisourate hydrolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 10000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→118 Å / Num. all: 103601 / Num. obs: 103601 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 12933 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2H1X

2h1x

解像度: 1.7→64.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 2.553 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25493	5163	5 %	RANDOM
R_work	0.2238	-	-	-
all	0.22537	103553	-	-
obs	0.22537	98390	91.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.467 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→64.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7208	0	0	598	7806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.946	10120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.457	5	904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.397	22.821	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.327	15	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.247	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.3	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.5	5077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.5	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.3	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.348	2	4686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.998	3	7400
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.449	2	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.092	3	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 901 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.24	5
2	B	loose positional	0.3	5
3	C	loose positional	0.25	5
4	D	loose positional	0.22	5
5	E	loose positional	0.26	5
6	F	loose positional	0.43	5
7	G	loose positional	0.25	5
8	H	loose positional	0.29	5
1	A	loose thermal	4.04	10
2	B	loose thermal	3.91	10
3	C	loose thermal	2.4	10
4	D	loose thermal	2.93	10
5	E	loose thermal	3.45	10
6	F	loose thermal	3.5	10
7	G	loose thermal	3.51	10
8	H	loose thermal	2.49	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	298	-
R_work	0.29	5716	-
obs	-	-	72.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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