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万見
- PDB-2h32: Crystal structure of the pre-B cell receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h32
タイトルCrystal structure of the pre-B cell receptor
要素
  • Immunoglobulin heavy chain
  • Immunoglobulin iota chain
  • Immunoglobulin omega chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta sheets / v and c-type Ig folds
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / immune response / endoplasmic reticulum / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin iota chain / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bankovich, A.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structural Insight into Pre-B Cell Receptor Function
著者: Bankovich, A.J. / Raunser, S. / Juo, Z.S. / Walz, T. / Davis, M.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Chain H is an antibody heavy chain which includes hypervariable regions, therefore it does ...SEQUENCE Chain H is an antibody heavy chain which includes hypervariable regions, therefore it does not match any of the sequences in the UNP sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin iota chain
B: Immunoglobulin omega chain
H: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3085
ポリマ－52,1773
非ポリマー1312
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
2
A: Immunoglobulin iota chain
B: Immunoglobulin omega chain
H: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子

A: Immunoglobulin iota chain
B: Immunoglobulin omega chain
H: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,61610
ポリマ－104,3556
非ポリマー2624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area14360 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area40430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.502, 71.502, 217.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin iota chain / Vpre / B protein / VpreB protein / CD179a antigen


分子量: 14553.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPREB1, VPREB / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P12018
#2: タンパク質 Immunoglobulin omega chain / Immunoglobulin- related protein 14.1 / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 1 / Ig lambda-5 / CD179b antigen


分子量: 13128.717 Da / 分子数: 1 / Fragment: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLL1, IGL1 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15814
#3: 抗体 Immunoglobulin heavy chain


分子量: 24495.428 Da / 分子数: 1 / Fragment: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 12% MP5K, 200mM Zinc acetate, 100mM PIPES, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60 Å / Num. obs: 16403 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1IT9 AND 1ADQ

1it9

1adq


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 25.731 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.111 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 824 5.1 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.269 15425 99.7 %-
all-14658 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å20 Å20 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----5.45 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 2 106 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9554712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.465434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03123.813139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.61715540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.21666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2420.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.250.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.52244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36423542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91831416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7844.51170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 68 -
Rwork0.367 1092 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4014-0.09110.34010.73340.23832.2491-0.09650.1027-0.00170.04030.0114-0.0122-0.0616-0.07610.0852-0.064-0.0189-0.00580.0947-0.0171-0.06067.296-13.386635.3686
22.0415-0.34360.40873.50242.06724.51230.01530.13060.4123-0.1608-0.0067-0.0103-0.50110.1623-0.00860.17650.0109-0.090.12020.1031-0.11452.217611.090110.9554
33.1863-2.24612.15464.2298-3.61937.41470.08750.0958-0.1347-0.3307-0.08660.1389-0.4036-0.793-0.0010.22830.1862-0.13110.1595-0.1626-0.1335-14.207712.922416.0855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1111 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1BB56 - 711 - 16
3X-RAY DIFFRACTION1HC1 - 1191 - 119
4X-RAY DIFFRACTION2BB72 - 17217 - 117
5X-RAY DIFFRACTION3HC120 - 223120 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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