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- PDB-2gz1: Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase (ASADH) from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gz1
タイトルStructure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase (ASADH) from Streptococcus pneumoniae complexed with NADP
要素Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素) / aspartate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, beta-type / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, beta-type / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Examination of key intermediates in the catalytic cycle of aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase from a gram-positive infectious bacteria.
著者: Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.
履歴
登録2006年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5644
ポリマ－80,0772
非ポリマー1,4872
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.709, 99.165, 64.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 40038.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: asd / プラスミド: pET 28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DQ00, UniProt: A0A0H2UPS5*PLUS, アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM Citrate pH 6.0 200 mM ammonium acetate 20% PEG 8000 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月1日
放射モノクロメーター: Confocal Max-Flux (CMF) multilayer optics
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection冗長度: 3.64 % / Av σ(I) over netI: 11.4 / 数: 250035 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.94 / D res high: 1.8 Å / D res low: 39.5 Å / Num. obs: 68226 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.8839.599.60.0280.863.67612
3.083.8899.90.0390.853.73379
2.693.0899.90.0550.873.73180
2.442.6999.90.0730.893.69107
2.272.4499.90.0940.933.66118
2.132.2799.90.1431.033.6227
2.032.1399.90.1590.983.697
1.942.031000.1990.973.5839
1.861.941000.2621.083.56103
1.81.861000.31413.5514
反射解像度: 1.8→39.53 Å / Num. all: 68226 / Num. obs: 68226 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.64 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 11.4 / Scaling rejects: 1876
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 24089 / Num. unique all: 6788 / Χ2: 1 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.5 Å
Translation2.5 Å39.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2SSIデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2GYY

2gyy


解像度: 1.8→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 3452 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.162 68216 --
obs0.162 68216 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5440 0 96 665 6201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.9797685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7773.00111894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0265712
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.26332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4081.53557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80925748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55432087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5134.51937
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 248
Rwork0.296 4739
obs-4987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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