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Yorodumi- PDB-2gyy: Structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH) from St... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gyy | ||||||
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Title | Structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH) from Streptococcus pneumoniae | ||||||
Components | Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006 Title: Examination of key intermediates in the catalytic cycle of aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase from a gram-positive infectious bacteria. Authors: Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2gyy.cif.gz | 543.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2gyy.ent.gz | 453.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2gyy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/2gyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/2gyy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2gz1C 2gz2C 2gz3C 1ys4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40038.523 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Plasmid: pET 28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8DQ00, UniProt: A0A0H2UPS5*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100 mM MES pH 6.5 50 mM calcium acetate 20% PEG 3350 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 1, 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Confocal Max-Flux (CMF) multilayer optics / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.27 % / Av σ(I) over netI: 8 / Number: 255789 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.1 Å / D res low: 29.12 Å / Num. obs: 77734 / % possible obs: 94.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2.1→29.12 Å / Num. all: 77734 / Num. obs: 77734 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8 / Scaling rejects: 1920 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 28306 / Num. unique all: 8072 / Χ2: 1.04 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry: 1YS4 Resolution: 2.1→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.497 / SU ML: 0.122 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.191 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.421 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→29.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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