PDB-2gyy: Structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH) from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gyy

タイトル

Structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH) from Streptococcus pneumoniae

要素

Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Examination of key intermediates in the catalytic cycle of aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase from a gram-positive infectious bacteria.
著者: Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.

履歴

登録	2006年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月6日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2gyy.ent.gz	453.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2gz1C 2gz2C 2gz3C 1ys4S 1brm 1mc4 1nwc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q11-d 2h1s-2 3q1l-2 2gz1-d 6d4c-d 4nu6-d 6t9w-2 5dn9-d 4e5n-4 6v8a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

B: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

C: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

D: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

B: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

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80.1 kDa, 2 ポリマー
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2

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D: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.479, 78.686, 243.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 40038.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pET 28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DQ00, UniProt: A0A0H2UPS5*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

分子量: 40038.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: pET 28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DQ00, UniProt: A0A0H2UPS5*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES pH 6.5 50 mM calcium acetate 20% PEG 3350 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日

放射

モノクロメーター: Confocal Max-Flux (CMF) multilayer optics
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.27 % / Av σ(I) over netI: 8 / 数: 255789 / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 0.96 / D res high: 2.1 Å / D res low: 29.12 Å / Num. obs: 77734 / % possible obs: 94.6

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.52	29.12	86.4	0.045	0.82	2.72	219
3.59	4.52	78	0.057	0.88	2.73	287
3.14	3.59	90.5	0.069	0.83	3.13	145
2.85	3.14	95.9	0.09	0.85	3.33	80
2.65	2.85	98.2	0.109	0.92	3.36	106
2.49	2.65	99	0.132	0.93	3.42	84
2.36	2.49	99.5	0.158	0.96	3.44	63
2.26	2.36	99.7	0.19	1.09	3.45	304
2.18	2.26	99.7	0.225	1.15	3.42	580
2.1	2.18	99.9	0.254	1.04	3.5	52

反射

解像度: 2.1→29.12 Å / Num. all: 77734 / Num. obs: 77734 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.27 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8 / Scaling rejects: 1920

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 28306 / Num. unique all: 8072 / Χ²: 1.04 / % possible all: 99.9

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.12 Å
Translation	2.5 Å	29.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2SSI	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1YS4

1ys4

解像度: 2.1→29.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 4.497 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	3948	5.1 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
all	0.18	77719	-	-
obs	0.18	77719	94.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10562	0	0	1003	11565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	10750
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.104	1.955	14607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.76	3	23042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.965	5	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	11641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	6408
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.227	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.302	1.5	6883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.578	2	11137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.085	3	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.825	4.5	3470

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.243	295
R_work	0.194	5620
obs	-	5915

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2888	0.7231	0.9025	2.2956	-0.2904	2.8154	0.2121	-0.22	-0.2472	-0.0187	-0.1455	-0.1578	0.2887	-0.1431	-0.0665	0.0679	-0.0378	-0.0065	0.176	0.0153	0.1493	48.937	45.798	0.411
2	0.9862	-0.1134	0.0353	1.0441	-0.338	2.7098	-0.0288	-0.0067	-0.0159	0.0656	-0.1013	0.0748	0.0131	-0.0388	0.1301	0.0348	-0.0298	0.0026	0.1259	-0.0346	0.1452	39.571	48.471	10.415
3	0.7609	0.8194	-0.0248	2.6442	-0.0005	0.973	0.0356	0.0583	0.0241	0.2251	-0.093	0.0496	-0.086	-0.1601	0.0574	0.0556	-0.0091	-0.0032	0.1347	-0.0119	0.1358	39.527	66.296	29.026
4	7.8963	1.7303	4.0047	2.5476	3.0744	5.9756	0.1916	0.4176	-0.2138	0.0227	0.2867	-0.1484	-0.2408	0.4028	-0.4784	0.1641	-0.0981	-0.0083	0.177	-0.0247	0.1129	50.083	77.117	22.132
5	0.5117	-0.0689	-0.0049	1.3471	0.2003	1.4776	-0.0177	-0.0069	-0.0232	0.0661	-0.1125	-0.0524	-0.0064	-0.0215	0.1302	0.0377	-0.0432	0.0068	0.1593	-0.01	0.136	41.315	58.711	25.587
6	0.8483	0.1866	0.0193	1.3149	0.4027	2.2526	-0.0181	0.0537	-0.0125	0.0042	-0.0522	0.0529	-0.0745	0.0575	0.0704	0.0362	-0.0314	-0.0189	0.107	-0.0035	0.109	43.307	57.274	24.297
7	1.4909	-0.361	-0.7412	1.5446	-0.1559	2.5583	-0.0305	-0.1047	0.0031	0.0055	-0.0136	0.0609	-0.0845	0.1631	0.0441	0.0199	0.0035	0.0049	0.1349	-0.0056	0.1063	46.324	48.758	7.876
8	4.7666	-0.6342	0.1365	4.4734	-0.2168	4.1321	-0.1333	-0.3589	0.0471	-0.3416	0.3864	-0.2533	-0.0724	-0.3304	-0.2531	0.2165	-0.0429	0.0213	0.3055	-0.0576	0.2763	27.182	85.474	56.686
9	6.5272	2.6119	-3.5024	7.3009	0.3966	4.3631	0.0191	-0.7376	0.1502	0.783	-0.0749	-0.3915	0.3762	0.6902	0.0558	0.3149	0.0276	-0.0487	0.2573	-0.1623	0.1856	29.461	78.298	70.857
10	0.0307	-0.0455	0.8241	1.2904	1.9861	3.2891	0.0626	-0.3965	0.0505	-0.1179	-0.2503	-0.0074	-0.3425	-0.1057	0.1877	0.1418	0.0156	0.0899	0.0665	-0.0113	0.2189	22.77	63.227	28.844
11	1.7978	0.5484	0.0498	1.2036	0.0849	1.3593	0.0492	-0.1592	-0.0374	-0.0299	-0.1617	0.0496	-0.1225	-0.0125	0.1125	0.0863	-0.0243	0.0048	0.1089	-0.033	0.1331	39.042	67.275	30.453
12	3.2389	0.914	-1.5917	0.8647	-0.3083	2.3151	-0.0609	0.2602	0.0687	0.023	0.113	-0.0444	0.0118	0.0721	-0.0521	0.0586	-0.0633	-0.0236	0.1823	0	0.108	51.534	63.792	27.528
13	1.7496	-0.2996	-0.5829	0.7386	0.6562	1.0431	-0.0274	-0.2212	0.0334	0.1146	0.0856	-0.0497	0.0103	0.0429	-0.0581	0.0962	-0.0584	-0.0251	0.1208	-0.0194	0.0934	49.998	61.471	33.765
14	0.733	-0.2384	-0.6601	0.8254	1.3036	2.691	0.0216	0.0067	-0.0106	0.0175	-0.1115	0.1083	-0.1792	-0.216	0.0899	0.0771	-0.01	0.0006	0.2046	-0.0504	0.1755	28.427	70.595	34.073
15	5.9644	-0.2675	-0.9017	4.9106	-0.5759	3.9036	0.4444	-0.3593	0.3079	0.0488	-0.2	0.0012	-0.4663	-0.1929	-0.2444	0.1253	-0.0178	0.0439	0.1885	-0.032	0.2123	48.121	33.338	6.727
16	5.2033	1.3223	-0.5951	0.655	-1.3868	2.3039	0.1275	0.3689	0.7849	0.2412	-0.3071	0.6747	-0.2651	0.4124	0.1796	0.1727	0.0244	-0.0337	0.2861	0.123	0.1455	68.508	40.089	-3.452
17	1.0823	-0.0523	1.0555	1.6536	0.6788	3.8219	0.0128	0.0131	0.1358	0.0927	-0.181	-0.1034	-0.0291	-0.0608	0.1681	0.0536	0.0012	0.0075	0.1714	0.0631	0.2178	62.608	32.159	13.186
18	1.6997	1.0666	-0.0517	3.2663	-0.7699	1.0954	0.0258	-0.073	0.0972	0.1177	-0.0701	-0.0019	-0.0462	-0.0541	0.0443	0.0241	-0.0248	-0.0026	0.143	-0.0054	0.1064	68.366	19.671	30.914
19	1.8894	-0.1124	0.3642	1.3683	-0.3914	0.9315	0.0131	-0.1075	0.037	0.0784	-0.012	0.0213	0.0219	-0.072	-0.0011	0.0516	-0.0346	-0.0093	0.1241	-0.0108	0.099	70.311	17.931	31.508
20	1.7294	0.2041	0.2501	1.4129	-0.0616	1.7203	-0.0175	-0.0459	0.0169	0.0041	-0.0085	-0.0207	0.2967	-0.2288	0.026	0.0935	-0.0479	-0.0039	0.1319	-0.0182	0.0734	61.774	18.001	28.414
21	0.7847	-1.0223	0.1628	2.4088	-0.0386	0.6695	-0.0215	-0.0379	-0.114	0.1373	-0.113	-0.0124	-0.0075	0.061	0.1344	0.0557	-0.0039	-0.0086	0.1606	0.0262	0.1729	55.507	28.405	12.188
22	-0.7463	0.0977	1.6394	3.0842	1.37	1.6773	0.3285	-2.0476	-0.415	-0.1781	-0.0072	0.2736	-0.0694	-0.5609	-0.3213	0.1279	-0.0543	-0.0774	0.1187	0.1536	0.2679	78.184	7.714	49.279
23	4.2816	0.9313	-0.398	1.9117	-2.2283	2.3899	-0.5608	-0.7055	-0.1357	-0.2715	-0.2405	-0.3533	0.3085	0.0071	0.8013	0.214	0.0449	-0.1197	0.2149	-0.0638	0.1442	100.225	21.425	51.587
24	1.3632	0.2944	1.6394	0.4388	-0.7348	3.1825	-0.1606	-0.3173	0.3491	-0.1027	0.1534	-0.1621	0.4253	0.2123	0.0072	0.1214	-0.0486	0.0099	0.097	0.0464	0.1149	85.237	19.004	35.557
25	3.5279	0.4561	-0.0138	1.0875	-0.0144	1.2616	-0.082	0.103	0.0671	-0.0348	0.0494	-0.0795	0.0298	0.0302	0.0327	0.0575	-0.0208	-0.0284	0.1187	-0.0203	0.1014	75.522	20.069	32.702
26	2.4212	0.1053	1.0039	1.3915	0.4337	1.8286	0.17	-0.1255	-0.1833	-0.0648	-0.0173	0.1236	0.1877	-0.2031	-0.1527	0.071	-0.0215	-0.0566	0.0997	0.0255	0.1245	59.023	15.625	28.025
27	2.2851	-0.005	0.3586	0.6179	0.0017	1.1914	-0.0064	-0.0253	0.038	-0.03	-0.0149	-0.057	0.0361	-0.0114	0.0213	0.0405	-0.0277	-0.0097	0.1163	-0.0022	0.0963	77.443	17.31	32.46
28	3.5782	-1.6687	0.634	6.7021	3.1023	4.8565	0.3416	-0.3403	-0.6812	-0.1496	-0.1202	0.1172	0.5691	0.0613	-0.2215	0.1685	0.0254	-0.0846	0.2829	0.1495	0.2449	92.776	-1.238	50.864

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 68	2 - 68
2	2	A	A	69 - 140	69 - 140
3	3	A	A	141 - 169	141 - 169
4	4	A	A	170 - 188	170 - 188
5	5	A	A	189 - 282	189 - 282
6	6	A	A	283 - 325	283 - 325
7	7	A	A	326 - 357	326 - 357
8	8	B	B	2 - 33	2 - 33
9	9	B	B	34 - 63	34 - 63
10	10	B	B	64 - 140	64 - 140
11	11	B	B	141 - 188	141 - 188
12	12	B	B	189 - 232	189 - 232
13	13	B	B	233 - 283	233 - 283
14	14	B	B	284 - 356	284 - 356
15	15	C	C	2 - 43	2 - 43
16	16	C	C	44 - 90	44 - 90
17	17	C	C	91 - 140	91 - 140
18	18	C	C	141 - 186	141 - 186
19	19	C	C	187 - 264	187 - 264
20	20	C	C	265 - 325	265 - 325
21	21	C	C	326 - 356	326 - 356
22	22	D	D	3 - 42	3 - 42
23	23	D	D	43 - 104	43 - 104
24	24	D	D	105 - 143	105 - 143
25	25	D	D	144 - 197	144 - 197
26	26	D	D	198 - 247	198 - 247
27	27	D	D	248 - 337	248 - 337
28	28	D	D	338 - 350	338 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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