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- PDB-3q1l: Crystals Structure of Aspartate beta-Semialdehyde Dehydrogenase f... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q1l | ||||||
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Title | Crystals Structure of Aspartate beta-Semialdehyde Dehydrogenase from Streptococcus pneumoniae with cysteamine bound covalently to Cys 128 | ||||||
![]() | Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / NADP / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Characterization of Inhibitors with Selectivity against Members of a Homologous Enzyme Family. Authors: Pavlovsky, A.G. / Liu, X. / Faehnle, C.R. / Potente, N. / Viola, R.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 546.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 472.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3pwkC ![]() 3pwsC ![]() 3pylC ![]() 3pyxC ![]() 3pzbC ![]() 3pzrC ![]() 3q0eC ![]() 3q11C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40038.523 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8DQ00, aspartate-semialdehyde dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-DHL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 13% PEG 3350, 0.1 M MES buffer, 0.05 M Ca-acetate, 10 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→23 Å / Num. obs: 55295 / % possible obs: 83 % / Redundancy: 2.9 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.34 Å / Redundancy: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 44.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.34 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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