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万見
- PDB-6iv7: The crystal structure of a SAM-dependent enzyme from aspergillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iv7
タイトルThe crystal structure of a SAM-dependent enzyme from aspergillus flavus
要素methyltransferase lepI
キーワードTRANSFERASE / SAM / O-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / O-methyltransferase lepI
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus NRRL3357 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.937 Å
データ登録者Zhou, Y.Z. / Peng, T. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Zhao, Y.C. / Guo, Y. / Zeng, Z.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of A SAM-Dependent enzyme from Aspergillus flavus
著者: Zhou, Y.Z. / Peng, T. / Liao, L.J. / Zhao, Y.C. / Liu, X.K. / Guo, Y. / Zeng, Z.X.
履歴
登録2018年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methyltransferase lepI
B: methyltransferase lepI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2354
ポリマ－86,4672
非ポリマー7692
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area30690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.556, 62.225, 113.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 methyltransferase lepI / Leporins biosynthesis protein I


分子量: 43233.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus NRRL3357 (カビ)
株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167
遺伝子: lepI, AFLA_066940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B8NJH3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05M CaCl2, 0.1M Bis-Tris PH 6.5, 30% mPEG 550 / PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.937→75.91 Å / Num. obs: 72748 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 35.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 2.15
反射 シェル解像度: 1.94→1.94 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Num. unique obs: 11076 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.937→41.881 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.04
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 3628 5 %Random
Rwork0.2024 ---
obs0.2041 72590 94.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.48 Å2 / Biso mean: 41.3624 Å2 / Biso min: 11.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.937→41.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6070 0 52 186 6308
Biso mean--39.31 41.54 -
残基数----772
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9371-1.96260.32541620.28612742290499
1.9626-1.98950.31961330.27982789292299
1.9895-2.01790.32791520.26972769292199
2.0179-2.0480.31871540.27322742289699
2.048-2.080.3993630.30561123118640
2.08-2.11410.31741420.27412564270694
2.1141-2.15060.27831330.24492696282995
2.1506-2.18970.30441390.22742756289599
2.1897-2.23180.24981410.233327822923100
2.2318-2.27730.3573820.24091569165156
2.2773-2.32690.23991540.22412767292199
2.3269-2.3810.26381680.21992742291099
2.381-2.44050.28871710.21632754292599
2.4405-2.50650.23711220.20982809293199
2.5065-2.58020.25961310.22032808293999
2.5802-2.66350.28971390.2192756289599
2.6635-2.75870.26441470.21032775292299
2.7587-2.86910.2571270.2222811293899
2.8691-2.99970.25341340.22532735286998
2.9997-3.15780.24741390.22812687282696
3.1578-3.35550.30581290.225128172946100
3.3555-3.61450.24261540.205927982952100
3.6145-3.9780.21741580.18062791294999
3.978-4.5530.19621450.15692807295298
4.553-5.73390.19091560.17262745290197
5.7339-41.89060.18511530.17482828298197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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