+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ix9 | ||||||
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Title | The structure of LepI C52A in complex with SAM and leporin C | ||||||
Components | O-methyltransferase lepI | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Leporin / SAM / O-methyltransferase / Pericyclase | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aspergillus flavus (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.776 Å | ||||||
Authors | Cai, Y. / Ohashi, M. / Hai, Y. / Tang, Y. / Zhou, J. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem. / Year: 2019 Title: Structural basis for stereoselective dehydration and hydrogen-bonding catalysis by the SAM-dependent pericyclase LepI. Authors: Cai, Y. / Hai, Y. / Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Garcia-Borras, M. / Houk, K.N. / Zhou, J. / Tang, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ix9.cif.gz | 359.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ix9.ent.gz | 289.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ix9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ix3SC 6ix5C 6ix7C 6ix8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45459.621 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C52A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (mold) Strain: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167 Gene: lepI, AFLA_066940 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: B8NJH3, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases |
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-Non-polymers , 6 types, 552 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-B0O / ( | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M sodium citrate/citric acid(pH 5.5), 15%(w/v) PEG 10000, 2%(v/v) dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. obs: 99372 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 33.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 1.932 / Num. unique obs: 4888 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.616 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6IX3 Resolution: 1.776→35.955 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.776→35.955 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -33.896 Å / Origin y: -18.1933 Å / Origin z: 26.2023 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |