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- PDB-2gyp: Diabetes mellitus due to a frustrated Schellman motif in HNF-1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gyp
タイトルDiabetes mellitus due to a frustrated Schellman motif in HNF-1a
要素Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / energy landscape / gene regulation / protein engineering / protein stability / protein structure
機能・相同性
機能・相同性情報


renal D-glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / D-glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...renal D-glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / D-glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus ...Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Narayana, N. / Phillips, N.B. / Hua, Q.X. / Jia, W. / Weiss, M.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Diabetes mellitus due to misfolding of a beta-cell transcription factor: stereospecific frustration of a Schellman motif in HNF-1alpha.
著者: Narayana, N. / Phillips, N.B. / Hua, Q.X. / Jia, W. / Weiss, M.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The dimerization domain of HNF-1a: structure and plasticity of an intertwined four-helix bundle with application to diabetes mellitus
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: High-resolution structure of the HNF-1a dimerization domain
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Diabetes-associated mutations in a b-cell transcription factor destabilize an anti-parallel "mini-zipper" in a dimerization interface
履歴
登録2006年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1382
ポリマ－7,1382
非ポリマー00
水1,11762
1
A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha

A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1382
ポリマ－7,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area4960 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha

B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1382
ポリマ－7,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area5000 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha

A: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2774
ポリマ－14,2774
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.180, 42.950, 42.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Hepatocyte nuclear factor 1-alpha / HNF-1A / Liver-specific transcription factor LF-B1 / LFB1 / Transcription factor 1 / TCF-1


分子量: 3569.149 Da / 分子数: 2 / 断片: Dimerization domain / 変異: G20(DAL) / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence was chemcially synthesized. The source is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P20823
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 mM peptide in 100 mM Bicine buffer. Reservoir solution contained 5 mM Magnesium Formate and 30% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 10642 / Num. obs: 10079 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 6

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
ADSCデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: coordinates from 1JB6

1jb6


解像度: 1.4→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 6 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 550 -RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.236 10642 --
obs0.23 10079 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数500 0 0 62 562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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