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万見
- PDB-2gva: REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE TYR 41--> HIS MUTANT OF THE M13... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gva
タイトルREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE TYR 41--> HIS MUTANT OF THE M13 GENE V PROTEIN. A COMPARISON WITH THE CRYSTAL STRUCTURE
要素GENE V PROTEIN
キーワードDNA-BINDING (VIRAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage M13, G5P, DNA-binding / Helix-destabilising protein / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-Binding protein G5P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法溶液NMR
データ登録者Folkers, P.J.M. / Nilges, M. / Folmer, R.H.A. / Prompers, J.J. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Refined solution structure of the Tyr41-->His mutant of the M13 gene V protein. A comparison with the crystal structure.
著者: Prompers, J.J. / Folmer, R.H. / Nilges, M. / Folkers, P.J. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The Solution Structure of the Tyr 41--> His Mutant of the Single-Stranded DNA Binding Protein Encoded by Gene V of the Filamentous Bacteriophage M13
著者: Folkers, P.J.M. / Nilges, M. / Folmer, R.H.A. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Exploring the DNA Binding Domain of Gene V Protein Encoded by Bacteriophage M13 with the Aid of Spin-Labeled Oligonucleotides in Combination with H-NMR
著者: Folkers, P.J.M. / Van Duynhoven, J.P.M. / Van Lieshout, H.T.M. / Harmsen, B.J.M. / Van Boom, J.H. / Tesser, G.I. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991
タイトル: Sequence-Specific H-NMR Assignment and Secondary Structure of the Tyr 41--> His Mutant of the Single-Stranded DNA Binding Protein, Gene V Protein, Encoded by the Filamentous Bacteriophage M13
著者: Folkers, P.J.M. / Van Duynhoven, J.P.M. / Jonker, A.J. / Harmsen, B.J.M. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991
タイトル: Characterization of Wild-Type and Mutant M13 Gene V Proteins by Means of H-NMR
著者: Folkers, P.J.M. / Stassen, A.P.M. / Van Duynhoven, J.P.M. / Harmsen, B.J.M. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
履歴
登録1995年7月27日処理サイト: BNL
置き換え1995年10月15日ID: 1GVA
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENE V PROTEIN
B: GENE V PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3482
ポリマ－19,3482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GENE V PROTEIN


分子量: 9674.188 Da / 分子数: 2 / 変異: Y41H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
属: Inovirus / プラスミド: M13 / 参照: UniProt: P69544

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
DIANAGUNTERT,BRAUN,WUTHRICH精密化
X-PLORBRUNGER精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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