PDB-4dy3: crystal structure of Escherichia coli PliG, a periplasmic lysozym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dy3

タイトル

crystal structure of Escherichia coli PliG, a periplasmic lysozyme inhibitor of g-type lysozyme

要素

Inhibitor of g-type lysozyme

キーワード

HORMONE INHIBITOR / lysozyme inhibitor / g-type lysozyme binding

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme inhibitor activity / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Leysen, S. / Vanheuverzwijn, S. / Van Asten, K. / Vanderkelen, L. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of the PliG lysozyme inhibitor family.
著者: Leysen, S. / Vanderkelen, L. / Van Asten, K. / Vanheuverzwijn, S. / Theuwis, V. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2012年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dy3.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dy3.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dy5C 4dzgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qxv-4 4q6s-1 6xxn-2 6uad-d 3soe-d 1ol0-1 4jnj-1 5i0z-1 4dy5-1 4ud7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inhibitor of g-type lysozyme

B: Inhibitor of g-type lysozyme

ヘテロ分子

25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inhibitor of g-type lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inhibitor of g-type lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.543, 83.543, 31.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Inhibitor of g-type lysozyme 分子量: 12538.815 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pliG, ycgK, b1178, JW1167 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76002
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M sodium acetate pH5.0, 0.15M NaCl, 25% w/v PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月8日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.69 Å / Num. all: 24224 / Num. obs: 22521 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2712 / R_sym value: 0.437 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→19.69 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2135	995	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1656	-	-	-
obs	0.1679	19529	95.77 %	-
all	-	19529	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.867 Å² / k_sol: 0.413 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2952 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2952 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.5904 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1772	0	12	354	2138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	2558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.973	728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8948	0.2504	152	0.2123	2479	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8948-2.0134	0.2306	137	0.1742	2515	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0134-2.1687	0.2241	150	0.1552	2589	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1687-2.3866	0.2473	130	0.163	2644	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3866-2.7312	0.2296	132	0.1695	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7312-3.438	0.1923	160	0.1553	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
3.438-19.6926	0.1874	134	0.1631	2849	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1988	0.0077	0.0373	1.81	-0.0436	2.192	0.0344	-0.0613	0.0142	0.0877	0.0436	0.0765	0.0547	-0.1085	-0.0416	0.0812	0.0257	-0.0035	0.07	0.0221	0.0813	20.7503	-34.4152	-2.1643
2	0.8488	0.3445	0.2726	1.6862	0.3834	1.765	0.0408	-0.0527	-0.0568	0.1036	0.0576	-0.1401	-0.0807	0.1061	-0.0654	0.0801	0.0058	-0.0068	0.0645	-0.0212	0.1008	21.1647	-6.6279	-0.2525

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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