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- PDB-4dzg: Crystal structure of Aeromonas hydrophila PliG, a periplasmic lys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzg
タイトルCrystal structure of Aeromonas hydrophila PliG, a periplasmic lysozyme inhibitor of g-type lysozyme
要素PliG
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / lysozyme inhibitor / g-type lysozyme binding
機能・相同性Jelly Rolls - #380 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / G-type lysozyme inhibitor
機能・相同性情報
生物種Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Leysen, S. / Theuwis, V. / Vanderkelen, L. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of the PliG lysozyme inhibitor family.
著者: Leysen, S. / Vanderkelen, L. / Van Asten, K. / Vanheuverzwijn, S. / Theuwis, V. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PliG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1862
ポリマ－12,1511
非ポリマー351
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.259, 76.259, 62.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PliG


分子量: 12150.683 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (バクテリア)
株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_0125 / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0KEJ7
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH6.5, 1M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月26日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→19.06 Å / Num. all: 13867 / Num. obs: 13867 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1862 / Rsym value: 0.0678 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→18.317 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 692 5 %random
Rwork0.1842 ---
obs0.1854 13867 97.76 %-
all-13867 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.64 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3835 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.3835 Å2-0 Å2
3----4.767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→18.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数857 0 1 126 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0731323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.582367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0168-2.17230.24891600.252422X-RAY DIFFRACTION93
2.1723-2.39050.26161290.21512609X-RAY DIFFRACTION98
2.3905-2.73540.22151310.20052640X-RAY DIFFRACTION99
2.7354-3.44260.2131370.17522682X-RAY DIFFRACTION100
3.4426-18.31760.17711350.16572785X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.573 Å / Origin y: -17.106 Å / Origin z: 18.7633 Å
111213212223313233
T0.1946 Å2-0.0386 Å20.0022 Å2-0.1568 Å20.0067 Å2--0.1592 Å2
L3.1512 °20.5512 °20.3494 °2-2.3695 °2-0.0175 °2--1.9543 °2
S0.0252 Å °-0.019 Å °0.3615 Å °-0.0403 Å °-0.09 Å °0.0036 Å °-0.349 Å °-0.0059 Å °0.0307 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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