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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gss | ||||||
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タイトル | HUMAN GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 IN COMPLEX WITH ETHACRYNIC ACID | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLUTATHIONE (グルタチオン) / PI / DETOXIFICATION / ETHACRYNIC ACID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / 薬物代謝 / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Paracetamol ADME / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / response to reactive oxygen species / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / secretory granule lumen / vesicle / cellular response to lipopolysaccharide / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A.J. / Rossjohn, J. / Parker, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: The three-dimensional structure of the human Pi class glutathione transferase P1-1 in complex with the inhibitor ethacrynic acid and its glutathione conjugate. 著者: Oakley, A.J. / Rossjohn, J. / Lo Bello, M. / Caccuri, A.M. / Federici, G. / Parker, M.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Structure of Class Pi Glutathione S-Transferase from Human Placenta in Complex with S-Hexylglutathione at 2.8 A Resolution 著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Lo Bello, M. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gss.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gss.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gss | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.940198, 0.133609, 0.313331), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23246.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH ETHACRYNIC ACID / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: GSTP1 / 器官: UBIQUITOUS / プラスミド: PGST-1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GSTP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BMH 71/18 参照: UniProt: P09211, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-EAA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.4 / 詳細: pH 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 36158 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 93866 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GSS 解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1 Å2 / Rms dev position: 500 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 |