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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gkl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the zinc carbapenemase CPHA in complex with the inhibitor pyridine-2,4-dicarboxylate | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / LACTAMASE / INHIBITOR / ZN | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garau, G. / Dideberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Competitive Inhibitors of the CphA Metallo-{beta}-Lactamase from Aeromonas hydrophila 著者: Horsfall, L.E. / Garau, G. / Lienard, B.M.R. / Dideberg, O. / Schofield, C.J. / Frere, J.M. / Galleni, M. #1: ![]() タイトル: A metallo-beta-lactamase enzyme in action: crystal structures of the monozinc carbapenemase CphA and its complex with biapenem 著者: Garau, G. / Bebrone, C. / Anne, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #2: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004 タイトル: Update of the standard numbering scheme for class B beta-lactamases 著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #3: ![]() タイトル: The 3-D structure of a zinc metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus reveals a new type of protein fold 著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1x8hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25220.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cphA / プラスミド: PUC20-CPHA / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PD2 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS COORDINATE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 21756 / Num. obs: 21647 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1X8H 解像度: 1.86→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.188 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.148 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→21.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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