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- PDB-2gkl: Crystal structure of the zinc carbapenemase CPHA in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gkl
タイトルCrystal structure of the zinc carbapenemase CPHA in complex with the inhibitor pyridine-2,4-dicarboxylate
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / LACTAMASE / INHIBITOR / ZN
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Garau, G. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2007
タイトル: Competitive Inhibitors of the CphA Metallo-{beta}-Lactamase from Aeromonas hydrophila
著者: Horsfall, L.E. / Garau, G. / Lienard, B.M.R. / Dideberg, O. / Schofield, C.J. / Frere, J.M. / Galleni, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A metallo-beta-lactamase enzyme in action: crystal structures of the monozinc carbapenemase CphA and its complex with biapenem
著者: Garau, G. / Bebrone, C. / Anne, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Update of the standard numbering scheme for class B beta-lactamases
著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The 3-D structure of a zinc metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus reveals a new type of protein fold
著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2006年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7306
ポリマ－25,2211
非ポリマー5095
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.638, 101.211, 117.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 25220.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: cphA / プラスミド: PUC20-CPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P26918, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PD2 / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID


分子量: 167.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS COORDINATES USE NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THE NUMBERING RELATES TO PDB ENTRY 1X8H.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 21756 / Num. obs: 21647 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X8H

1x8h


解像度: 1.86→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.188 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19617 1102 5.1 %RANDOM
Rwork0.15898 ---
all0.161 21625 --
obs0.16084 20495 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 31 190 1979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9742476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2183.0013021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.185215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92223.92479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.365159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3590.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1040.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.51130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.5451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18121784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1853800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4744.5692
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 77 -
Rwork0.162 1425 -
obs--95.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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